如何使用pydicom替换DICOM图像中的像素数据？

Question

我正在尝试替换给定示例图像中的像素数据。我的代码：

import matplotlib.pyplot as plt
from pydicom import dcmread
from pydicom.data import get_testdata_file

fpath = get_testdata_file('CT_small.dcm')
ds = dcmread(fpath)

# replacing rows and columens with new values 
ds.Rows = 200 
ds.Columns = 200 
# replacing pixel data with new image (type: numpy.ndarray)
ds.pixel_array = data[layer].tobytes()
...

我收到以下错误信息：

AttributeError: can't set attribute

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更新

好的，如果我使用

ds.PixelData = data[layer].tobytes()

取代

ds.pixel_array = data[layer].tobytes()

我得到了一张图片，但它看起来与原始图片（data[layer]）完全不同。我错过了什么？

- Sebastian

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错误出现在哪一行？ - Tehnorobot

抱歉，在第10行：ds.pixel_array = data[layer].tobytes()。 - Sebastian

很可能数据不符合预期格式。如果您使用CT数据，则期望数据为单色，每像素2个字节。您可能需要相应地转换或重塑您的numpy数组。由于我们没有关于您尝试设置的数据的信息，因此这只是一个猜测。 - MrBean Bremen

是的，我认为你可能是对的。新数据是200x200的float32类型。我已经调整了行和列。添加.astype(np.float16)就完成了任务。非常感谢！ - Sebastian

Answer 1

这解决了我的问题：

ds.PixelData = data[layer].astype(np.float16).tobytes()

- Sebastian