我正在尝试使用freesurfer的dcm2nii工具将一系列DTI西门子DICOM转换为NifTi格式，但是在某些文件上失败了，因为它们缺少DiffusionGradientDirection标签（0x19,0x100E），这是生成.bvec和.bval文件所必需的。不是标签没有值，而是似乎根本不存在。我尝试添加该标签，但出现以下错误：ds [0x19、0x100E] .value ='yes'。
有没有办法我可以手动插入此标签？
使用pydicom添加新的DICOM标签
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- G Warner
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您确定标签是正确的吗？0x19组是奇数，因此它是一个私有标签，不是标准字典的一部分。在DICOM标准中，“Diffusion Gradient Direction”似乎是一个序列，而不是具有单个值的数据元素。 - darcymason
@darcymason 我敢打赌OP需要添加私有所有者。 - malat
@darcymason 我相当确定那是正确的标签。我已经在来自各种西门子机器的几千个DTI运行中尝试过这个标签，每个具有（0x19,0x100e）的运行都成功生成了.bval/.bvec文件，而每个缺少该标签的运行都无法生成.bval/.bvec文件。我相信所有扩散数据都存储在私有标签中（http://mri-imaging.blogspot.com/2011/04/how-to-find-dti-information-from-dicom.html）。 - G Warner
啊，我在pydicom的私有标签信息中找到了它——请查看完整答案。 - darcymason
2个回答
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要在数据集 ds 中添加一个新的私有数据元素到 pydicom 中，可以使用 add_new 方法：
ds.add_new(tag, VR, value)
对于这种情况，可以在pydicom的_private_dict.py文件中查找私有标签（该文件从gdcm的私有标签信息派生而来）：
'SIEMENS MR HEADER': {
...
'0019xx0e': ('FD', '3', 'DiffusionGradientDirection', ''),
这是一种重复组标签，其中xx可以更改以允许此同一类型的多个数据元素。 在这里，FD是双精度浮点数，而3是多重性（期望三个值）。
因此，在这种情况下，要添加数据元素，你需要做的应该类似于：
ds.add_new(0x19100e, 'FD', [0,1,0]) # I have no idea what this last vector should actually be
然而，正如Malat所指出的，为了使文件成为有效的DICOM文件，还需要有一个私有创建者标签来引入该块。如果它不存在，你可能也需要添加它。既然你正在将文件转换为另一种格式，也许你并不在意只添加单个标签就能实现功能。
添加数据元素后，你可以像在原始问题中那样使用ds[0x19100e].value = ...更改值。
顺便说一下，对于标准字典中已存在的关键词，不需要使用add_new函数；可以直接按名称设置项，例如ds.OtherPatientIDs='test'，即使数据集中尚不存在该项。
- darcymason
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我需要运用我的智慧来回答这个问题，因为我无法访问您的DICOM数据集，但我敢打赌，这是因为您对DICOM中私有标签的工作原理不够了解而导致失败。
我找到了一个相当好的页面（仅在web.archive上可用），总结了这种情况。简而言之，您需要仔细检查类似dcmdump和/或gdcmdump的输出以指导您。
让我们使用著名的GDCMData样本文件之一来综合说明这里正在发生的事情（但它应该对您起作用）。
$ gdcmdump SIEMENS_CSA2.dcm | grep 0019
(0019,0010) LO [SIEMENS MR HEADER ] # 18,1 Private Creator
(0019,1008) CS [IMAGE NUM 4 ] # 12,1 CSA Image Header Type
(0019,1009) LO [1.0 ] # 4,1 CSA Image Header Version ??
(0019,100b) DS [10632.5 ] # 8,1 SliceMeasurementDuration
(0019,100f) SH [Fast] # 4,1 GradientMode
(0019,1011) SH [No] # 2,1 FlowCompensation
(0019,1012) SL 0\0\-2134 # 12,3 TablePositionOrigin
(0019,1013) SL 0\0\-2134 # 12,3 ImaAbsTablePosition
(0019,1014) IS [0\0\0 ] # 6,3 ImaRelTablePosition
(0019,1015) FD -162.438\-61.4092\254.003 # 24,3 SlicePosition_PCS
(0019,1017) DS [0.642857] # 8,1 SliceResolution
(0019,1018) IS [7800] # 4,1 RealDwellTime
正如你在上面看到的，gdcmdump能够告诉我们0019,1018是RealDwellTime
现在如果我们天真地移除私有创建者标签会发生什么：
$ gdcmanon --dumb --remove 0019,0010 SIEMENS_CSA2.dcm /tmp/hack.dcm
$ gdcmdump /tmp/hack.dcm | grep 0019
(0019,1008) CS [IMAGE NUM 4 ] # 12,? (1) Private Element With Empty Private Creator
(0019,1009) LO [1.0 ] # 4,? (1) Private Element With Empty Private Creator
(0019,100b) DS [10632.5 ] # 8,? (1) Private Element With Empty Private Creator
(0019,100f) SH [Fast] # 4,? (1) Private Element With Empty Private Creator
(0019,1011) SH [No] # 2,? (1) Private Element With Empty Private Creator
(0019,1012) SL 0\0\-2134 # 12,? (3) Private Element With Empty Private Creator
(0019,1013) SL 0\0\-2134 # 12,? (3) Private Element With Empty Private Creator
(0019,1014) IS [0\0\0 ] # 6,? (3) Private Element With Empty Private Creator
(0019,1015) FD -162.438\-61.4092\254.003 # 24,? (3) Private Element With Empty Private Creator
(0019,1017) DS [0.642857] # 8,? (1) Private Element With Empty Private Creator
(0019,1018) IS [7800] # 4,? (1) Private Element With Empty Private Creator
突然我们遇到了一个奇怪的情况，DICOM属性0019,1018仍然存在于数据集中，但是由于某种原因gdcmdump无法告诉我们这是'RealDwellTime'。
我猜想你也遇到了同样的问题，你缺少用于私有标签间接寻址的关键字（SIEMENS MR HEADER）。
顺便提一下，您是否检查了扩散信息是否直接存储在CSA头中，例如：
$ gdcmdump --csa my_input.dcm | grep -i diffusion
在这种情况下，我会向pydicom报告一个bug，以便他们也解析这个DICOM属性来获取扩散信息。
- malat
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抱歉，我有点困惑。因为我是按标签号而不是标签名查询数据，所以
ds[0x19,0x100E] 仍然会返回一个值吗？此外，当我只打印整个头时，我看不到标签。最后，即使扩散信息存储在CSA头中也无关紧要，因为问题在于dcm2nii在我提到的标签中查找它，无法重定向到其他位置查找。问题不是我找不到扩散信息，而是dcm2nii找不到它。 - G Warner网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的可以查看英文原文，
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