如何绘制一个三集比例Venn/Euler图？

Question

我有一组微阵列数据，想按照附图（用PowerPoint完成）进行表示。我尝试了R可用的各种软件包（VennDiagram、venneuler、limma），但无法按比例绘制数据或显示值。

请问是否有人知道如何实现？

以下是可供操作的代码！

谢谢！

# you might need these:
source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("limma")
library(VennDiagram)
library(limma)
library(venneuler)

# Trial 1: Kind of proportional but difficult to customize for labels and other stuff
su <- venneuler(c(A=162, B=104, C=86, "A&B"=206, "A&C"=112, "B&C"=90 ,"A&B&C"=2433))
plot(su)

# Trial 2: looks nice but not proportional
hw <- c(F,F,F,F,T,T,T,T)
hm <- c(F,F,T,T,F,F,T,T)
hr <- c(F,T,F,T,F,T,F,T)
c4 <- cbind(hw,hm,hr)
e <- vennCounts(c4)
e[1:8,4] <- c(3193,86,104,90,162,112,206,2433)
vennDiagram(e)

- Strohmi

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我认为维恩图并没有旨在显示比例面积。无论如何，读者几乎无法有意义地解释重叠区域的相对面积。如果可以的话，你就不需要一开始的数字了。我的建议是退后一步，考虑你想要传达的主要信息，并调整（必要时手动）图形以突出这个信息。--没错，艾德·图夫蒂是我的先知 :-) - Carl Witthoft

我认为在某些情况下使用比例可能会有所帮助，但并非所有情况都适用。 - Stenemo

venneuler 的文档非常差，但是你可以使用 su$labels = c("Foo", "Bar", "Baz") 修改标签，使用 su$colors = c(0.1, 0.44, 0.3) 修改颜色等。然而，我认为不可能使用圆形绘制三个集合的比例韦恩图。只有六个参数（三个半径和连接圆心的三条边），试图表示七个不同的区域。但是，使用其他形状（例如椭圆）可能是可能的。我发现 eulerAPE，但它对我来说效果很差。 - Sparhawk

Answer 1

我建议使用VennDiagram程序包： http://cran.r-project.org/web/packages/VennDiagram/VennDiagram.pdf 在第19页，您会发现10个非常好的示例（包括高级和简化的示例）。到目前为止，我还没有发现它做不到我需要它做的任何事情。

作为对于其他人有帮助的一般性建议，如果您在寻找答案时到达了这里（与此问题不直接相关但相关），我建议使用此搜索来寻找您的答案。

- Stenemo

Answer 2

使用我的nVennR软件包，可以通过两种方式完成，如vignette所示。在这个例子中，

> library(nVennR)
> myV <- createVennObj(nSets = 3, sNames = c('A', 'B', 'C'), sSizes = c(0, 86, 104, 90, 162, 112, 206, 2433))
> myV <- plotVenn(nVennObj = myV)

该包可以表示更大的集合数量。

- vqf