更改 networkx 绘图中节点的顺序/位置

Question

我有一个Pandas数据帧，并想基于该数据帧绘制一个网络。当前的图表如下： 它从右上角开始，向左下角延伸。如果我下次绘制它，它可能会有不同的起始位置，如何避免这种情况？此外，如何将起始节点设置为左上角，结束节点（也可以预先拒绝）始终设置为右下角？

我的代码到目前为止是：

###make the graph based on my dataframe
G3 = nx.from_pandas_edgelist(df2, 'Activity description', 'Activity followed', create_using=nx.DiGraph(), edge_attr='weight')

#plot the figure and decide about the layout
plt.figure(3, figsize=(18,18))
pos = nx.spring_layout(G3, scale=2)

#draw the graph based on the labels
nx.draw(G3, pos, node_size=500, alpha=0.9, labels={node:node for node in G3.nodes()})

#make weights with labels to the edges
edge_labels = nx.get_edge_attributes(G3,'weight')
nx.draw_networkx_edge_labels(G3, pos, edge_labels = edge_labels)
plt.title('Main Processes')

#save and plot the ifgure
plt.savefig('StandardProcessflow.png')
plt.show() 

我使用的包是networkx和matlotlib。

- PV8

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部分回答你的问题 - 你可以在 nx.spring_layout 中设置一个 seed，例如 pos=nx.spring_layout(G3, scale=2, seed=42)。看看是否有帮助。 - Itamar Mushkin

“seed=1” 对我来说看起来很合理，它是做什么的？它和 random_state 是相同的方法吗？ - PV8

是的，就像@vurmux所解释的那样。 - Itamar Mushkin

Answer 1

你可以使用spring_layout的seed属性来防止图形节点在每次绘制时移动：

seed

(int、RandomState实例或None（可选，默认为None）) - 为确定性节点布局设置随机状态。如果是int，则种子是随机数生成器使用的种子，如果是numpy.random.RandomState实例，则种子是随机数生成器，如果是None，则随机数生成器是由numpy.random使用的RandomState实例。

或者自己指定一个布局，例如：

pos = {
    1: [0, 1],
    2: [2, 4]
    ...
}

您可以同时使用两种方法：

G3 = nx.Graph()
G3.add_weighted_edges_from([
    (1,2,1),
    (2,3,2),
    (3,4,3),
    (3,6,1),
    (4,5,4)
])

pos = nx.spring_layout(G3, scale=2, seed=84)
pos[1] = [-20, 0]
pos[5] = [20, 0]

nx.draw(
    G3,
    pos,
    node_size=500,
    alpha=0.9,
    labels={node:node for node in G3.nodes()}
)

edge_labels = nx.get_edge_attributes(G3,'weight')
nx.draw_networkx_edge_labels(G3, pos, edge_labels = edge_labels)

如果您想在特定位置设置特定节点，则可以使用它。

- vurmux

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对于pos [1]，我需要写整数，还是也可以写标签？例如pos ['Milkman']。 - PV8

你需要在那里编写节点ID。如果你用单词代替它们（我猜的），你应该像你在评论中写的那样写它们。 - vurmux