ggbiplot - 如何在绘图中不使用特征向量

Question

我有一个数据集data$cell_line.sva，其维度为313x11875。

cc.pca <- prcomp(data$cell_line.sva, center = TRUE, scale. = TRUE, retx = TRUE) 
g <- ggbiplot(cc.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = as.factor(cgpResponse), ellipse = TRUE, circle = FALSE)

如何去掉特征名称？（红色文本）

- Cheng

Answer 1

我还没有足够的声望点数，因此无法评论，但是通过将var.axes设置为false，可以很容易地去除箭头和名称：

ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
         groups = wine.class, ellipse = TRUE, 
         circle = TRUE, var.axes=FALSE)

- Anca

Answer 2

你需要使用varname.size参数来实现这一点。

使用文档中的示例：

data(wine)
wine.pca <- prcomp(wine, scale. = TRUE)
print(ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
               groups = wine.class, ellipse = TRUE, circle = TRUE))

然后添加varname.size参数：

print(ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, 
               groups = wine.class, ellipse = TRUE, circle = TRUE,
               varname.size=0)) #set it to zero

现在，你拥有了想要的东西！

- LyzandeR

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有没有办法也删除箭头？ - Stefan

Answer 3

我无法确定这样做是否会产生有用的结果，但还是试一试。根据我的代码和帮助页面阅读，函数不允许您通过参数设置来禁止名称显示。所以看看代码，似乎因子的标签是从prcomp对象的$rotations元素中提取的。尝试将这些名称全部设置为空字符会导致错误，所以我通过设置不同长度的空格值来成功地解决了问题。

data(wine)    # need a reproducible example so use the help page 
 wine.pca <- prcomp(wine, scale. = TRUE)
print(ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = wine.class, ellipse = TRUE, circle = TRUE))
# that was the equivalent of your plot
# Now change the input value

dimnames(wine.pca$rotation)[[1]] <- 
   Reduce(function(x,y) paste0(x,y),    # function to concatentate the lanks
          rep(" ",dim(wine.pca$rotation)[1]),   # corrrect number of blanks
           acc=TRUE)                    # save all intermediate strings
 print(ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1, groups = wine.class, 
        ellipse = TRUE, circle = TRUE))
 #Look, Ma! No labels

- IRTFM

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我可以这样解释图表吗：Alcohol和MalicAcid占三个组之间变化的36.2％和19.2％？ - Little Bee

说实话，我完全不知道。在这种情况下，我只是在乱改代码以满足所需的修改，对于底层的统计解释一无所知。 - IRTFM

有没有办法也去掉箭头？ - Stefan

听起来像是另一个问题。 - IRTFM

Answer 4

好的，所以我用一种非常粗暴的方式来完成这个任务。

    print(ggbiplot(wine.pca, obs.scale = 1, var.scale = 1,
           groups = wine.class, ellipse = TRUE, circle = TRUE,
           varname.size=0, varname.adjust = 20))

它只是简单地设置变量名称的偏移量，超出了绘图限制。

- Vlatko Galic