如何在R中使用SMILES或图像将分子结构添加到绘图中？

Question

我希望在我的R绘图中添加4-氨基苯甲酸的分子结构。该绘图显示所述分子的红外光谱。是否可以使用SMILES代码添加，其为O=C(O)c1ccc(N)cc1，或者可以将其作为图片添加，可在此处找到（在底部进行了编辑）。我已编写以下脚本：

par(family="mono", font.axis=1)
data <- read.table("D13-4-aminobenzoic_acid.asc")
x <- data[,1]
y <- data[,2]
x1 <- x[rev(order(x))] # reverse order x

plot(x1,y, type="n", xlim=rev(range(x)),  
     axes=FALSE,
     xlab=expression(paste("Wavelength [", cm^-1,"]")),
     ylab="Transmittance [%]"
     )

lines(x1, y, col="firebrick")

axis(1, at=seq(500,4000,250))
axis(2, at=seq(40,100,10), xpd=T)

.asc文件可以在这里找到。 由于底部左侧空间最大，我希望分子能够被放置在那里。 图像缩小了85%：

- user3182395

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尽管这是为地图设计的，但是它也适用于将图像添加到绘图中：http://stackoverflow.com/q/4523212/903061。我不会投票将其关闭为副本，因为可能有SMILES代码的解决方案。 - Gregor Thomas

很抱歉，我不知道如何在我的情况下使用image()命令。在我的研究中，我遇到了add.image()命令，它似乎类似于第一个提到的命令。然而，我以前从未在R中处理过图像，对此一无所知。 - user3182395

您可以使用Open Babel（http://openbabel.org/wiki/Main_Page）将SMILES转换为png格式，并将png文件添加到绘图中，如下面的答案所示。 - Marat Talipov

Answer 1

您可以使用 png 和 grid 包添加图像文件：

library(png)
library(grid)
img <- readPNG("img.png")
grid.raster(img, x=.15, y=.25, width=.3, hjust=0, vjust=0)

查看?grid.raster以获取函数的其他参数。注意，x和y可能很难优化，并且请注意，width和height是相对于原始大小的比例。

- Molx