在ggplot2中绘制线性判别分析的后验分类概率
使用ggord可以制作漂亮的线性判别分析ggplot2双标图（参见M. Greenacre的“实践中的双标图”第11章，图11.5），如下所示： library(MASS) install.packages("devtools") library(devtools) install_gith...
将省略号添加到主成分分析（PCA）图中。
我在将组别变量椭圆添加到个体站点PCA因子图上遇到了问题，该图还包括PCA变量因子箭头。 我的代码： prin_comp<-rda(data[,2:9], scale=TRUE) pca_scores<-scores(prin_comp) #sites=individual ...
在ggplot2中为PCA双标图添加校准轴
我正在使用ggplot2创建一份序列分析的包。目前，我正在以传统方式构建双图，其中载荷用箭头表示。但我也想使用校准轴，将载荷轴表示为通过原点的直线，并在绘图区域外显示载荷标签。在基础R中，可以实现这一点。library(OpenRepGrid) biplot2d(boeker) 但我正在寻...
PCA在ggbiplot中的缩放
我正在尝试使用 prcomp 和 ggbiplot 绘制主成分分析图。但是，我的数据值超出了单位圆，并且在调用 prcomp 之前未能以一种可以将数据限制在单位圆内的方式重新缩放数据。 data(wine) require(ggbiplot) wine.pca=prcomp(wine[,1:...
在R中进行主成分分析和数据着色
大家好，我有一个简单的问题，但在任何教程中都没有找到答案。我对一组数据进行了简单的主成分分析，然后使用双图 biplot 绘制了我的数据。 CP <- prcomp(dat, scale. = T) summary(CP) biplot(CP) 使用这个方法，我能够将我的数据按照...
prcomp和ggbiplot：无效的“rot”值
我正在尝试使用R对我的数据进行PCA分析，我找到了这个很好的指南，使用prcomp和ggbiplot。我的数据有两种样本类型，每种类型有三个生物学重复（即6行），大约有20000个基因（即变量）。首先，按照指南中描述的代码获取PCA模型不起作用： >pca=prcomp(data,ce...