使用rpy2从python调用R脚本

Question

我对rpy2和R都很陌生。

我有一个R脚本script.R，其中包含函数，例如rfunc（folder）。 它位于与我的python脚本相同的目录中。 我想从Python调用它，然后启动其中一个函数。 我不需要来自此R函数的任何输出。 我知道这一定非常基础，但我找不到调用R脚本的Python代码示例。 目前我在Python中做的事情如下：

import rpy2.robjects as robjects

def pyFunction(folder):
    #do python stuff 
    r=robjects.r
    r[r.source("script.R")]
    r["rfunc(folder)"]
    #do python stuff

pyFunction(folder)

我在source行处遇到了一个错误：

r[r.source("script.R")] File "/usr/lib/python2.7/dist-packages/rpy2/robjects/__init__.py", line 226, in __getitem__ res = _globalenv.get(item) TypeError: argument 1 must be string, not ListVector

我不太理解为什么我输入的参数不是字符串，我猜下一行也会出现同样的问题，因为folder是一个Python字符串，而不是一个R的东西。

那么，我应该如何正确地调用我的脚本呢？

- Efferalgan

Answer 1

source 是一个 R 函数，用于运行一个 R 源文件。因此，在 rpy2 中，我们有两种方式来调用它，要么：

import rpy2.robjects as robjects
r = robjects.r
r['source']('script.R')

或者

import rpy2.robjects as robjects
r = robjects.r
r.source('script.R')

r[r.source("script.R")] 不是正确的处理方式。

同样的想法可能适用于下一行。

- CT Zhu

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我想要使用脚本 script.R 中定义的 rfunc 函数，并将 folder 参数作为参数传递给我的 Python 函数。 - Efferalgan

对于下一行，r.rfunc(folder) 的工作方式与您的解决方案相同。看来我在寻找过于复杂的东西，而解决方案却非常简单。谢谢。 - Efferalgan

没错，r["rfunc(folder)"] 会将 folder 作为字符串 'folder' 传递，这可能不是你想要的。我今天已经用完了点赞次数，明天再点吧。干杯！ - CT Zhu