用Python的rpy2库调用带有命令行参数的R脚本

Question

我希望能够使用rpy2模块从Python中调用R文件。我希望能够传递参数到这些脚本，这些参数可以被R的commandArgs函数解释。

如果我的R脚本（trivial_script.r）如下所示：

print(commandArgs(TRUE))

我的Python 2.7脚本如下:

>>> import rpy2.robjects as robjects
>>> script = robjects.r.source('trivial_script.r')

如何使用参数“arg1”，“arg2”，“arg3”从rpy2.robjects调用它？

- ChrisGuest

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Rpy2让你可以像使用模块一样使用R脚本：http://stackoverflow.com/questions/28373343/passing-vectors-and-params-from-python-to-r-functions/28375231#28375231 - lgautier

Answer 1

我认为这两种方法（RPy与命令行脚本）是两个独立的部分。如果你使用RPy，就不需要传递命令行参数。你只需创建一个包含你想在R中运行的功能的函数，并使用arg1、arg2和arg3从Python中调用该函数。

如果你想在Python中使用R命令行脚本，请查看Python中的subprocess库。在那里，你可以使用以下命令从命令行调用R脚本：

import subprocess
subprocess.call(['Rscript', 'script.R', arg1, arg2, arg3])

其中arg1、arg2和arg3是包含您要传递给R脚本的信息的Python对象（例如字符串）。

- Paul Hiemstra

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我倾向于认为我需要传递命令行参数，因为我正在尝试使用脚本，这些脚本也可以独立使用。 - ChrisGuest

请@Paul提供第一种方法的示例吗？编辑：我不明白那如何使用R语言，看起来你建议创建一个Python函数，它可以_做与R函数相同的事情_。 - AniMir