rpy2 (版本2.3.10) - 将数据从R包导入Python

Question

我正在尝试将一个R包中的一些数据导入到Python中，以便测试我编写的其他Python-Rpy2函数。特别地，我正在使用R中的SpatialEpi包和pennLC数据集。

因此，我已经成功导入了rpy2包并正确连接到该程序包。但是，我不确定如何访问该程序包中的数据。

import rpy2.robjects as robjects
from rpy2.robjects.packages import importr
spep = importr("SpatialEpi")

然而，我似乎无法访问SpatialEpi包中的数据对象pennLC来测试该函数。相应的R命令为：

data(pennLC)

任何建议。

- krishnab

Answer 1

R中执行data("foo")会在工作空间中创建任意数量的对象。在rpy2中，所有内容都包含在一个环境中，这样更加清晰。

from rpy2.robjects.packages import importr, data
spep = importr("SpatialEpi")
pennLC_data = data(spep).fetch('pennLC')

pennLC_data是一个 Environment（可以把它想象成命名空间）。

要列出所获取的内容：

pennLC_data.keys()

为了获取所需的数据对象：

pennLC_data['pennLC'] # guessing here, it might be a different name

- lgautier

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嘿，Laurent。这非常有帮助。我正在使用rpy2 2.3.10版本，所以你提到的一些指令并没有正确地运行--现在在Package对象上没有“data”方法了。但是我把我的答案放在下面。如果您对我下面的写法有任何建议，请告诉我。 - krishnab

@krishnab 啊，是的。data()在rpy2-2.4.0-dev中。在rpy2-2.3.10中使用data=True/.__rdata__是可以的。2.4版本中的data()函数旨在使事情变得不那么混乱。 - lgautier

Answer 2

我根据Laurent上面的信息找到了一个答案。

我正在使用rpy2版本2.3.10，所以与Laurent上面的代码有些不同。这是我做的。

import rpy2.objects as robj
from rpy2.robjects.packages import importr
spep = importr('SpatialEpi', data = True)
data = spep.__rdata__.fetch('pennLC')

请注意，在rpy2 2.3.10中没有.data方法--名称可能已更改。但是，2.3.10文档表明，在importr中使用data=True参数将在.Package.__rdata__下放置一个PackageData对象。因此，我可以对rdata对象进行fetch操作。

然后，当我想要访问数据时，我可以使用以下代码。

data['pennLC'][1]

In [43]: type(d['pennLC'][1])
Out[43]: rpy2.robjects.vectors.DataFrame

查看数据：

print(data['pennLC'][1])

- krishnab