使用rpy2加载R包时，R内核崩溃

Question

首先，我是rpy2 / jupyter的新手，请不要在这里问我的问题，如果不正确，请不要批评我。

我正在尝试设置使用R和Python进行数据分析的集成工作流程，并遇到以下错误：

我正在运行Ubuntu 19.04上的conda环境，使用Jupyter 1.0.0、Python 3.7.4、R 3.5.1、r-irkernel 1.0.2和rpy2 3.1.0，并通过R安装了R包Seurat。

当我使用R-kernel创建Jupyter笔记本时，我可以使用 library(Seurat) 加载 Seurat。

我也可以使用rpy2和rmagic在Python中使用R代码，例如：

%load_ext rpy2.ipython

%%R
data(allen, package = 'scRNAseq')
adata_allen <- as(allen, 'SingleCellExperiment')

然而，当我尝试使用rpy2加载Seurat时，内核崩溃：

%%R
library(Seurat)

我收到以下消息：

内核重新启动
看起来内核已经死亡，它将自动重启

Jupyter在命令行中给出以下消息：

[I 16:39:01.388 NotebookApp] KernelRestarter: restarting kernel (1/5), keep random ports
kernel 23284ec0-63d5-4b61-9ffa-b52d19851eab restarted

请注意，像library(dplyr)这样的其他库可以使用rpy2正常加载。

完整的conda环境可以在附加的文本文件中找到。

我只是无法弄清楚是什么原因导致了问题。是否有一种方法可以从Jupyter获得更详细的错误消息？

非常感谢您的帮助！

问候 Felix

- fkoegel

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这听起来像是Seurat和/或（更可能的是）Jupyter R内核中的一个错误。它应该在他们的错误跟踪器中报告。 - Konrad Rudolph

Answer 1

**这是对原回答的编辑 - segfault不应再发生。**

R软件包Seurat使用另一个名为reticulate的R软件包，提供了从R到Python的桥梁。

由于rpy2侧的cffi释放了Python GIL，并且reticulate侧没有确保获得GIL，因此长时间以来出现了segfault问题。但是，当前（2023年）版本的rpy2和reticulate应该可以一起使用。

- lgautier

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感谢您的回复！在阅读您发布的帖子后，我按照一些建议降级到了Seurat 3.0.2版本，并成功解决了问题！非常感谢！ - fkoegel

Answer 2

我也遇到了同样的问题，我正在使用在docker中的Jupyter笔记本和Python。

我通过以下方式启动我的笔记本或Python代码来解决内核崩溃问题：

import os \
os.environ['R_HOME'] = '/usr/lib/R'

/usr/lib/R 是我系统中安装 R 和库的位置，应该是 rpy2 所需的 R 版本。希望这可以帮到你。

- Luis Peraza

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这个解决方案让我受到启发，在Windows中手动设置每个env变量（R_HOME, R_LIBS_USER, R_USER），然后重新启动终端和Jupyter来解决问题。也许将来的版本会在安装过程中自动设置这些环境变量。 - undefined

Answer 3

我尝试在带有Python 3.10.5、IPython 8.4.0和R 4.1.3的 Docker镜像中安装rpy2。

如果我使用pip在终端窗口中安装rpy2：

python3 -m pip install rpy2

我在终端中启动IPython，并输入import rpy2，这一步骤成功了。但是下一步，即：import rpy2.robjects as robjects会导致以下不太具有指导性的错误信息：

Error in glue(.Internal(R.home()), "library", "base", "R", "base", sep = .Platform$file.sep) : 
  4 arguments passed to .Internal(paste) which requires 3
Error: could not find function "attach"
Error: object '.ArgsEnv' not found
Fatal error: unable to initialize the JIT

原因是PyPI上的rpy2包与jupyter/r-notebook镜像中的Python和R安装之间存在一些微妙的不兼容性。这种不兼容性是由于在r-notebook镜像中使用Conda安装了Python和R所致。

如果我也使用Conda安装rpy2，就像这样：

conda install --yes rpy2

然后一切都按照广告所说的那样运作。

学到的经验

1. 如果Python和R是通过操作系统软件包安装的，则可以使用pip安装rpy2。
2. 如果Python和R是通过Conda安装的，则也应该使用Conda安装rpy2。
3. （最尴尬的部分）：有一个jupyter/datascience-notebook，它预装了rpy2（以及许多其他好东西），无需安装任何东西：

jupyter/datascience-notebook包括来自Julia、Python和R社区的数据分析库。

jupyter/scipy-notebook和jupyter/r-notebook图像中的所有内容及其祖先图像rpy2包Julia编译器和基本环境IJulia支持在Jupyter笔记本中编写Julia代码HDF5、Gadfly、RDatasets包

- András Aszódi

Answer 4

在使用rpy2导入robjects时，我遇到了内核死机的问题，以下方法对我有效：

import os
os.environ['R_HOME'] = '/Users/<your user>/anaconda3/envs/<env name>/lib/R'

# import your desired module
from rpy2.robjects.packages import importr

- Vivek Prajapati

Answer 5

我跟你遇到了同样的问题。但是我降级到Seurat 3.0.2，问题就得到了解决。要在conda中使用rpy2的用户定义R内核，请在最开始之前运行以下代码（在import rpy2之前）。

# user defined R installation
import os
os.environ['R_HOME'] = '/path/to/miniconda/envs/seurat/lib/R' #path to your R installation
os.environ['R_USER'] = '/path/to/miniconda/lib/python3.7/site-packages/rpy2' #path depends on where you installed Python.

- BioNinja