使用rpy2从Python调用自定义函数

Question

有没有办法调用在文件中定义的函数，比如myfunc.r？

---------------myfunc.r --------------
myfunc = function(){
  return(c(1,2,3,4,5,6,7,8,9,10))
}

getname = function(){
  return("chart title")
}

---- Python 
   How to call getname() here ?

任何帮助都将不胜感激？

- user2171582

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你为什么要在这里定义 myfunc 函数？ - agstudy

@agstudy：这只是一个示例，展示文件可以包含多个函数，我想。 - lgautier

Answer 1

rpy2有一些特性可以帮助使这个过程更加清晰，而不是将对象倾泻到全局工作空间中。

from rpy2.robjects.packages import STAP
# if rpy2 < 2.6.1 do:
# from rpy2.robjects.packages import SignatureTranslatedAnonymousPackage
# STAP = SignatureTranslatedAnonymousPackage
with open('myfunc.r', 'r') as f:
    string = f.read()
myfunc = STAP(string, "myfunc")

现在可以使用 myfunc.myfunc 和 myfunc.getname 访问 R 文件中的对象。

请查看有关将任意 R 代码导入为软件包的文档。

- lgautier

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SignatureTranslatedAnonymousPackage 这个名字有点长，我想对于 R 和 Python 开发者来说 :) - agstudy

是的，也许在命名谱系的Java极端端点，但仍然不超过140个字符；-)。保持清晰的情况下缩短类名可能意味着引入子包。对于名称的建议也非常欢迎。 - lgautier

@agstudy：我编辑了代码片段，现在真实的类名只写了一次。 - lgautier

字符串 = ''.join(f.readlines()) 会出现错误。在 R 版本 3.2.0（撰写时）中，您应该这样做：字符串 = f.read().replace('\n', '')。 - momokjaaaaa

@momokjaaaaa 是的。我修正了答案。谢谢。 - lgautier

Answer 2

您可以像这样做（此处为Python代码）

import rpy2.robjects as robjects
robjects.r('''
       source('myfunc.r')
''')

 r_getname = robjects.globalenv['getname']

那么你就称它为

r_getname()

- agstudy

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这个在2016年的时候对我仍然有效，使用R-3.2.2和rpy2=2.7.0 :) - Sudipta Basak

Answer 3

我建议使用user3282437在这里提到的方法:

import rpy2.robjects as robjects
r_source = robjects.r['source']
r_source('/path_to_file/myfunc.R')
r_getname = robjects.globalenv['getname']

我不确定这是一个全局性的问题，但在我的Windows机器上，像agstudy建议的直接调用：

import rpy2.robjects as robjects
robjects.r('source("some_file.R")')

导致 Python 崩溃。

- Dmitry Deryabin