R中的交互式热图

Question

我的数据框长这样：

      rankA      rankB     V1       V2
1     0-1 w      1-2 t     8.636042 10.43002
2     0-1 w      3-5 t     6.495266 10.52126
3     0-1 w      6-10 t    5.480639 10.56230
4     0-1 w      +10 t     4.897840 10.64759
5     2-3 w      1-2 t     7.677400 10.45409
6     2-3 w      3-5 t     5.420535 10.47965
7     2-3 w      6-10 t    4.499810 10.51640
8     2-3 w      +10 t     3.496508 10.44883

我需要一个交互式热力图。我之所以说交互式，是因为：

• 我需要在X轴上绘制排名A
• 我需要在Y轴上绘制排名B
• 我需要通过V1来着色方块
• 当鼠标指针悬停在一个方块上时，必须显示V2值的消息框。

我刚刚看到了heatmaply文档，但我不知道如何将mtcars heatmaply复制到我的案例中（tidyverse库？）。

有什么想法吗？还有其他包吗？

- Mario M.

---

你尝试过使用d3heatmap吗？ - Wolf

当然可以。但是这些例子与heatmaply的例子相似。我需要绘制四维数据，而不是三维。 - Mario M.

Answer 1

如果你不需要热图两侧的树状图，以下是可能的选项：

选项1. 创建ggplot对象并使用plotly :: ggplotly进行转换：

library(ggplot2)

p <- ggplot(df,
       aes(x = rankA, y = rankB, fill = V1, label = V2)) +
  geom_tile() +
  geom_label(fill = "white") +
  viridis::scale_fill_viridis() # to match other packages' default palettes

plotly::ggplotly(p)

选项2. 创建plotly对象：

plotly::plot_ly(
  data = df,
  x = ~rankA, y = ~rankB, z = ~V1, text = ~paste('V2: ', V2),
  hoverinfo = "text",
  type = "heatmap"
)

（此版本在悬停时显示“V2：/ V2的值/”，但未被导出的截图捕获。）

如果您确实需要树状图，恐怕我还没有找到一种方法将其输入到heatmaply的参数中。但是，如果情况危急，您可以考虑以下选项... 选项3。使用heatmaply库创建plotly对象并更改基础代码。

# create the heatmap object hm (on hover, it will show the rankA / rankB / V1 values)
hm <- heatmaply::heatmaply(long_data = df %>% 
                             select(rankB, rankA, V1) %>%
                             rename(name = rankB, variable = rankA, value = V1))

# look through hm's structure for hover text. I found it below, but I haven't 
# used plotly enough to know if it's always going to be in the same place
str(hm)

> hm$x$data[4][[1]]$text
     [,1]                                                  [,2]                                                 
[1,] "value: 8.636042<br />column: 0-1 w<br />row: 1-2 t"  "value: 7.677400<br />column: 2-3 w<br />row: 1-2 t" 
[2,] "value: 6.495266<br />column: 0-1 w<br />row: 3-5 t"  "value: 5.420535<br />column: 2-3 w<br />row: 3-5 t" 
[3,] "value: 5.480639<br />column: 0-1 w<br />row: 6-10 t" "value: 4.499810<br />column: 2-3 w<br />row: 6-10 t"
[4,] "value: 4.897840<br />column: 0-1 w<br />row: +10 t"  "value: 3.496508<br />column: 2-3 w<br />row: +10 t" 
attr(,"apiSrc")
[1] TRUE

# replace with V2's values, making sure the rows & columns are matched correctly
df %>% 
  select(-V1) %>% 
  mutate(V2 = paste("V2:", V2)) %>%
  tidyr::spread(rankA, V2) %>% 
  arrange(factor(rankB, levels = c("1-2 t", "3-5 t", "6-10 t", "+10 t"))) %>%
  select(-rankB) %>% as.matrix() -> hm$x$data[4][[1]]$text

hm

和之前一样，这个版本在悬停时显示“V2：/ V2的值/”。但它没有被导出的截图捕获。

数据：

df <- read.table(header = T, stringsAsFactors = F, 
                 text = '      rankA      rankB     V1       V2
                 1     "0-1 w"     "1-2 t"     8.636042 10.43002
                 2     "0-1 w"      "3-5 t"     6.495266 10.52126
                 3     "0-1 w"      "6-10 t"    5.480639 10.56230
                 4     "0-1 w"      "+10 t"     4.897840 10.64759
                 5     "2-3 w"      "1-2 t"     7.677400 10.45409
                 6     "2-3 w"      "3-5 t"     5.420535 10.47965
                 7     "2-3 w"      "6-10 t"    4.499810 10.51640
                 8     "2-3 w"      "+10 t"     3.496508 10.44883')

- Z.Lin

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太棒了！选项2非常完美。谢谢，@Z.Lin - Mario M.

嗨，Z.Lin，你有没有尝试查看cellnote参数？这可能会简化情况。如果您无法轻松地使用long_data参数，请在此问题上打开一个问题：https://github.com/talgalili/heatmaply/issues - Tal Galili