热力图中的标签分组

Question

热力图中的标签分组

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我有一个数组，其中ij个条目是区域i和j之间共同表达差异基因的数量。类似于这个问题和这个问题，我想在x轴上对标签进行分组，以避免图形过于拥挤。Hawrylycz等人（2012）中的热图的xticklabels是我想要的一个很好的例子。 xticklabels是相对通用的区域。例如，在额叶下的所有列都对应于大脑内额叶结构。我不想复制yticklabels或条形图嵌入。对于热图中的每个框，我都有一个本体论。我选择绘制几个区域的结构，例如仅“额叶和顶叶”。使用本体论，我可以发现每个结构的一组列的起始索引和结束索引。如何使用这些索引来绘制组标签？

- mac389

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http://matplotlib.org/api/ticker_api.html#tick-locating 上有关于近乎完全的控制的详细信息。然而，ax.xticks'，ax.set_xticklabels` 可能已经足够了。 - cphlewis

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这个可能会有用：http://stanford.edu/~mwaskom/software/seaborn/examples/structured_heatmap.html - cphlewis

是的！在尝试回答我的问题时，我也发现了seaborn。 - mac389

我也在想，如果没有一个类可以像上面那样做标准图，那么制作一个将是一个很好的有用练习。 - cphlewis

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- cphlewis · Accepted Answer

就像这样：

import pandas as pd
from numpy.random import random_integers
from numpy import reshape
import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.ticker import FixedLocator, FixedFormatter
alph = 'ABCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ'
lalph = list(alph.lower())
alph = list(alph)

df = pd.DataFrame(random_integers(0,100,(26,26)),columns=alph,
                  index=lalph)

# Two lines just to make a plaid image in imshow 
differ = reshape([sum(df[col2]-df[col]) for col2 in df for col in df], (26,26))
differ = pd.DataFrame(differ, columns=alph,index=alph)

# pick the labels you want
ticks = [2, 14, 18, 19, 22] # C=2 because A=0 because Python is 0-indexed
ticklabels = [alph[x] for x in ticks]

fig = plt.figure(figsize=(3,5))
ax = fig.add_subplot(111)
ax.imshow(differ)
ax.autoscale(False)

# display only the chosen ticks and ticklabels
ax.xaxis.set_major_locator(FixedLocator(ticks))
ax.xaxis.set_major_formatter(FixedFormatter(ticklabels))

enter image description here

您将拥有一组字符串，这些字符串命名基因，而不是作为字母列表使用的字符串，但imshow轴索引仍然是基础numpy数组的索引。