在 pandas 中使用 to_hdf 函数时出现了“缺少可选依赖项'tables'”的错误。

Question

• 以下代码出现了错误。

以下代码出现了错误。

import pandas as pd
df = pd.DataFrame({'a' : [1,2,3]})
df.to_hdf('temp.h5', key='df', mode='w')

• 这个让我报错了。

  缺少可选依赖项“tables”。请使用pip或conda安装表格。

• 我已经尝试过ImportError HDFStore requires PyTables No module named tables，但仍然出现相同的错误。

• 当我读取hdf文件时，我遇到了相同的错误。而且tables已经为我的Python安装好了。

一些版本信息。

• python 3.7.4
• pandas 0.25.2
• windows10

PS：您可以在repl https://repl.it/中重现此问题。

更新：

• 我试着运行以下内容。

import tables

并获得了以下错误:

ImportError: 无法加载任何一个 ['hdf5.dll', 'hdf5dll.dll']，请确保其可以在系统路径中找到。

• 看起来pandas没有提供准确的消息。 它只是说缺少依赖项，实际上它已经存在。

• 如果有人知道如何解决这个问题，那将会有所帮助。

- Poojan

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你的操作系统是什么？Python可执行文件的位置在哪里？你使用的是哪个IDE（PyCharm、VSCode等）？此外，你使用的Pandas和Python版本是什么？ - James

在repl.it上，只要您将tables==3.6.0作为包添加到repl中，您的代码就可以正常运行。 - Davide Fiocco

@DavideFiocco 看起来现在它正在 relt.it 上运行。我现在不在我的工作站上。一旦回到家，我会检查并更新问题。 - Poojan

@James的版本信息在问题中提到。我正在使用Jupyter笔记本运行代码。 - Poojan

在我的Linux机器上，该软件包似乎被称为“pytables”。您能否检查安装“pytables”是否解决了您的问题？如果安装了“pytables”，则您的代码片段可以正常工作。 - Sergey Bushmanov

Answer 1

对于conda用户：

conda install pytables

- Matthew

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完美。将表和numexpr都安装到site-packages中。 - Peter

对我来说，在执行tables = import_optional_dependency("tables")时，从miniconda3\lib\site-packages\pandas\io\pytables.py中引发了相同的“缺少表”错误，这似乎表明已经安装了pytables模块。尽管如此，您的解决方案仍然解决了问题。我无法理解。 - mins

我遇到了和@mins一样的问题，但是conda无法解决。使用pip install tables解决了这个问题。 - pedrosaurio

Answer 2

• 问题出在tables上。
• 当我使用以下命令使用pip将tables安装到本地用户目录时，它无法正常工作。

pip install --user tables

• 运行import tables会出现以下错误：

  ImportError: 无法加载任何一个 ['hdf5.dll', 'hdf5dll.dll']，请确保其可以在系统路径中找到

• 对我而言可行的解决方法是卸载tables，然后将其安装到Python所在的目录（或者你安装Python的位置），使用without --user option。根据你的Python安装位置，你可能需要管理员/超级用户权限。

• 对我而言，我的Python路径是C:\Program Files\Python37-64\python.exe，在c:\program files\python37-64\lib\site-packages\下安装成功了。
• 希望这能帮到你。我不知道为什么在用户目录中安装tables不起作用。如果有人知道原因，请在此处发布。

- Poojan

Answer 3

我使用这个方法使它能够工作：

conda install snappy

- Georgios Koutsakis

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我不知道原因，但对我来说有效。谢谢 - Kevin Lee

你知道为什么这个解决方案有效（至少对一些用户有效）吗？它对我也起作用了。（conda install pytables 对我没有帮助） - Nerxis

Answer 4

使用表格3.6.1解决了我的依赖问题。

pip install tables==3.6.1

- Petter Nordin

Answer 5

我使用以下命令成功解决了这个问题:

pip install --upgrade tables

希望这对你有用！

- yogazining

Answer 6

上面的解决方案对我没有用。也许是因为我使用 conda-forge 渠道构建了单独的环境，我成功地通过以下方法解决了这个问题：

conda install -c conda-forge pytables

- Chappy Hickens

Answer 7

当我使用pip install -U -r requirements.txt刷新现有的conda虚拟环境时，出现了这个问题。我解决了以下问题：

1. conda env remove -n <env> # 删除您的虚拟环境。
2. conda create -n <env> python==3.8 # 再次创建您的虚拟环境。
3. pip install -U -r requirements.txt

维护conda和pip软件包的混合使用非常繁琐，因此我只使用后者。

- Gabriel B

Answer 8

在使用苹果M2处理器的MacOS Ventura时，上述方法对我无效。最终对我有效的是：

env HDF5_DIR=/opt/homebrew/opt/hdf5 python3 -m pip install tables

在这里，/opt/homebrew/opt/hdf5 是 hdf5 的安装位置。

- David Cohen