导入错误：HDFStore需要PyTables模块，但没有找到tables模块。

Question

import pandas as pd
dfs = pd.HDFStore('xxxxx.h5')

抛出此错误：

"ImportError: HDFStore需要PyTables，"未找到名为tables的模块"的问题"

我尝试安装PyTables，它需要Cython。 我已经安装了Cython 0.21，但是它报错说Cython应该大于0.13。

这里是我得到的日志：

".. ERROR:: You need Cython 0.13 or greater to compile PyTables!

----------------------------------------
Cleaning up...
Command python setup.py egg_info failed with error code 1 in /private/tmp/pip_build_root/tables
Storing debug log for failure in /Users/nikhilsahai/Library/Logs/pip.log
Nikhils-MacBook-Pro:~ nikhilsahai$ sudo pip install cython
Requirement already satisfied (use --upgrade to upgrade): cython in /Library/Python/2.7/site-packages/Cython-0.21-py2.7-macosx-10.9-intel.egg
Cleaning up..."

请指导我如何解决这个问题。

- nikhil sahai

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我认为您的路径有所交叉，setup.py 找到了一个版本的 cython，而 pip 找到了另一个版本。 - tacaswell

是的，你需要一个更高版本的Cython，0.21是当前版本。 - Jeff

这是在发布版本的pytables中的一个bug：https://github.com/PyTables/PyTables/issues/388。在开发版本中已经修复了。你可以使用`pip install git+https://github.com/PyTables/PyTables`安装开发版本。 - TomAugspurger

Answer 1

只需要简单地使用以下代码更新pytables:

pip install --upgrade tables

对我有用。

- lin_bug

Answer 2

在使用 HDFStore 时，我也遇到了同样的错误。我尝试了上述所有步骤，并花费了许多时间来寻找解决方案，但都没有成功。

然后我下载并安装了MiniConda。然后我使用以下命令安装了pytables。

conda install -c conda-forge pytables

请参考下面的屏幕截图。

- Tharindu Kumara

Answer 3

在Ubuntu上，我使用以下命令解决了这个问题：

sudo apt-get install python3-tables

请注意，我正在使用Python 3

- Tarik

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对于Python 3，请只需运行pip install tables命令即可安装。 - Shadi

你有点不必要地限制了自己的选择。使用pip，你可以选择不同的版本。顺便说一下，pip也是一个软件包管理器。 - Shadi

@shadi 请阅读这篇文章：http://matthew-brett.github.io/pydagogue/installing_on_debian.html。它提供了一个平衡的观点，解释了apt-get和pip之间的优缺点。出于稳定性原因，我更喜欢使用apt-get，而其他人则更喜欢使用pip以获得其他好处，例如更好地控制他们想要的软件包。同时，结合pip使用virtualenv似乎更可取。 - Tarik

有效的观点。我使用pew作为virtualenv的包装器。 - Shadi

使用Dockerfile（基于python3-slim的基础镜像），添加ENV HDF5_DIR=/usr/lib/x86_64-linux-gnu/hdf5/serial，并安装apt-get install libhdf5-serial-dev和pip install tables似乎可行。其他解决方案对我不起作用。 - morganics

Answer 4

你可以在任何操作系统上使用pip： python -m pip install tables

您可以查看官方文档，了解更多安装方式 http://www.pytables.org/usersguide/installation.html

- SEDaradji

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我可以确认：这解决了在MacOS上使用python2和python3的问题（python2 -m pip install tables 和 python3 -m pip install tables）。 - normanius

Answer 5

正如TomAugspurger所提到的那样... 最新版本的pytables似乎存在一个bug。您可以通过执行以下命令安装当前的开发版本：

sudo pip install git+https://github.com/PyTables/PyTables

如果问题已经得到解决，应该关闭这个问题 :)

- joanfihu

Answer 6

您需要安装pytables: conda install pytables

- hoaphumanoid

Answer 7

在Windows上，也许这是一个不错的选择，使用以下命令： pip安装tables-3.2.2-cp34-cp34m-win_amd64.whl

---你可以从http://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#numpy下载文档

- Yulong Deng