有没有一种方法可以使用ggplot更改GGally :: ggpairs的颜色调色板？

Question

我想要为GGally函数中的ggpairs更改调色板。当我尝试向使用getPlot返回的ggplot添加ggplot命令时，颜色不会改变。

my_pair_plot = ggpairs(dataset, color="var1")
getPlot(my_pair_plot,2,1) + scale_fill_brewer(palette = "Set2")

尝试直接将ggplot命令放在ggpairs函数中会导致错误。

ggpairs(dataset, color="var1") + scale_fill_brewer(palette = "Set2")

- Glenn Strycker

Answer 1

原来这是有可能实现的！虽然需要查找源代码，但解决方案相当简单。我们对ggpairs函数感兴趣，因此第一步就是：

ggpairs

让我们看看是否有任何aes映射可以填充或着色。确实，

combo_aes <- addAndOverwriteAes(aes_string(x = xColName, 
            y = yColName, ...), section_aes)

我们希望它能够实现所说的功能。两个重要的注意事项：

• 颜色和填充 aes 应包含在 ggpairs 调用的省略号中。

• 使用了 aes_string()。

让我们试一下：

ggpairs(diamonds[, 1:2], colour='cut')

太好了，我们快要完成了！我们需要覆盖调颜色的板。请注意，你所提出的类似内容

ggpairs(diamonds[, 1:2], colour='cut') + scale_fill_brewer(palette = "Set2")

这样做行不通，因为ggpairs对象不是ggplot，所以+符号不能直接使用。然而，可以在这里找到简单的解决方法。祝你好运！

ggplot <- function(...) ggplot2::ggplot(...) + scale_fill_brewer(palette="Set2")
ggpairs(diamonds[, 1:2], colour='cut')

- tonytonov

Answer 2

更新：

GGAlly再次更新，此答案中的黑客方法也不再有效。但最终有了非黑客解决方案：给出

scales <- scale_colour_brewer(type = 'qual') %+% scale_fill_brewer(type = 'qual')

您可以（以希望具有未来可靠性的方式）执行以下操作：

for (row in seq_len(ps$nrow))
    for (col in seq_len(ps$ncol))
        ps[row, col] <- ps[row, col] + scales

旧方法

另一个答案中的黑客方法已经不再适用，所以我们需要使用新的方法进行黑客攻击！

ggpairs对象的内部结构是数据集和字符串列表：

> dta <- data.frame(a=1:6, b=7:12, c=c('f', 'g'))
> ps <- ggpairs(dta, 1:2, colour = 'c')
> str(ps)
List of 10
 $ data        :'data.frame':   2 obs. of  3 variables:
  ..$ a: int [1:2] 1 2
  ..$ b: int [1:2] 3 4
  ..$ c: int [1:2] 5 6
 $ columns     : int [1:3] 1 2 3
 $ plots       :List of 9
  ..$ : chr "ggally_densityDiag(ggally_data, ggplot2::aes(x = a, colour = c))"
  ..$ : chr "ggally_cor(ggally_data, ggplot2::aes(x = b, y = a, colour = c))"

[...]

 $ gg          : NULL
 - attr(*, "class")= chr [1:2] "gg" "ggpairs"

> ps

为了修改图表，需要修改图表对象中的相应字符串以包含附加命令。为此，我们使用deparse(substitute(argument))来获取包含用户传递的代码的字符串，并将其附加到每个绘图调用中：

add_to_plots <- function(pairs, modification) {
    str <- deparse(substitute(modification))
    pairs$plots <- lapply(pairs$plots, function(s) paste(s, '+', str))
    pairs
}

> add_to_plots(ps, scale_colour_brewer(type = 'qual'))

- flying sheep

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这个也不再起作用了。我想要在对角线上的密度图不填充，而是像这里显示的那样成为线条 - 我该怎么做？https://dev59.com/4ZLea4cB1Zd3GeqP8ecS - Make42

这会改变颜色，但是不能改变我的图形仍然被填充的事实。 - Make42

那很简单，只需覆盖填充即可。 - flying sheep

听起来很琐碎，但我做不到，因为问题仍然存在：用什么？我尝试了NULL，但那并不起作用。我不想用其他东西代替它 - 我希望它是透明的。 - Make42

你说得对。通常是使用 waiver()，但似乎不起作用。我找不到添加 aes(fill)/scale_fill_* 的位置... - flying sheep

Answer 3

我认为最不hack的改变调色板的方式是修改自己的绘图函数，因为它们返回可以自由定制的ggplot2对象。

要在对角线上更改密度，只需更改相应的函数ggally_densityDiag。

modified_density = function(data, mapping, ...) {

  ggally_densityDiag(data, mapping, ...) + scale_fill_brewer(type = "qual", palette = "Set2")
}

然后，按照以下方式提供新的功能给ggparis函数调用：

ggpairs(iris, columns = 1:3,  aes(color = Species),
        diag = list(continuous = modified_density)) 

此外，其他绘图部分也可以使用upper和lower参数。

- Emrick Liu

Answer 4

将矩阵图分配给一个变量，然后使用for循环迭代每个图似乎也可以解决问题：

library(GGally)

plot.matrix <-ggpairs(iris,aes(color= Species), upper = list(continuous = wrap("cor", size=6)))

for(i in 1:5) {
  for(j in 1:5){
    plot.matrix[i,j] <- plot.matrix[i,j] +
      scale_fill_brewer(palette = "Dark2") +
      scale_color_brewer(palette = "Dark2")
  }
}

plot.matrix

这个例子改编自Schmuller（2018）的“R Projects for dummies”，第149页。

- Kim J