在R和ggpairs中定义用户自定义的颜色调色板

Question

我正在尝试为R中GGally库中的ggpairs散点图使用另一个颜色调色板。请参见此处类似问题。

library(ggplot2)
library(GGally)

工作

ggplot(iris, aes(x=Sepal.Width, colour=Species)) + stat_ecdf() + scale_color_brewer(palette="Spectral")

同样适用

ggplot <- function(...) ggplot2::ggplot(...) + scale_color_brewer(palette="Spectral")
ggplot(iris, aes(x=Sepal.Width, colour=Species)) + stat_ecdf()

Does not work

ggplot <- function(...) ggplot2::ggplot(...) + scale_color_brewer(palette="Spectral")

ggpairs(iris, 
    columns=, c("Sepal.Length", "Sepal.Width", "Petal.Length", "Petal.Width"),
    colour='Species',
    lower=list(continuous='points'), 
    axisLabels='none',  
    upper=list(continuous='blank')
)

但是添加

putPlot(p, ggplot(iris, aes(x=Sepal.Length, colour=Species)) + stat_ecdf(), 1,1)

添加正确颜色的绘图。

解决方法

我可以使用getPlot后更改绘图，但那不够美观...

subplot <- getPlot(a, 2, 1) # retrieve the top left chart
subplotNew <- subplot + scale_color_brewer(palette="Spectral")
a <- putPlot(a, subplotNew, 2, 1)

我该如何更改ggpairs中散点图的颜色方案？更具体地说，我想手动定义颜色，如下所示：

scale_colour_manual(values=c("#FF0000","#000000", "#0000FF","#00FF00"))

谢谢！

- bytesinflight

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你可以将ggpairs图存储在一个对象中，比如说gg，然后修改gg$plots。 - Stéphane Laurent

Answer 1

以下是可行的黑客方法：

ggplot <- function(...) ggplot2::ggplot(...) + scale_color_brewer(palette="Spectral")
unlockBinding("ggplot",parent.env(asNamespace("GGally")))
assign("ggplot",ggplot,parent.env(asNamespace("GGally")))

当你为ggplot函数分配一个新值时，它将在全局环境中。现在，GGally在加载时会导入一切，包括ggplot（本来不必如此）。此时，更改全局环境中的ggplot函数不起作用，因为来自GGally的导入具有优先权。相反，您需要更新GGally:imports上的ggplot函数。只有一个问题：一旦加载了包，其绑定就会被锁定。但是我们可以解锁它们（我想这是不受欢迎的，因此将其标记为hack解决方案）。

请参见Josh O'Brien在Replace definition of built-in function in R?下的回答以获取更多信息。

- stacksia

Answer 2

正如stacksia所说（但也要添加scale_fill_brewer）

ggplot <- function(...) ggplot2::ggplot(...) + scale_color_brewer(palette="Spectral") + scale_fill_brewer(palette="Spectral")
unlockBinding("ggplot",parent.env(asNamespace("GGally")))
assign("ggplot",ggplot,parent.env(asNamespace("GGally")))

请参考Josh O'Brien在Replace definition of built-in function in R?下的回答获取更多信息。

- Ines de Santiago