如何使用GGally::ggpairs中的loess方法，使用wrap函数

Question

如何使用GGally::ggpairs中的loess方法，使用wrap函数

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我试图复制Coursera R回归模型课程中提供的这个简单示例:

require(datasets)
data(swiss)
require(GGally)
require(ggplot2)
ggpairs(swiss, lower = list(continuous = "smooth", params = c(method = "loess")))

我希望看到一个6x6的配对图——瑞士数据中6个变量的每种组合都有一个带有loess平滑和置信区间的散点图。

但是，我遇到了以下错误：

Error in display_param_error() : 'params' 是一个被弃用的参数。请使用 'wrap' 函数来提供参数。help("wrap", package = "GGally")

我查看了 ggpairs() 和 wrap() 的帮助文件，并尝试了许多不同顺序的 wrap() 和 wrap_fn_with_param_arg() 函数。

我可以如下正常工作：

ggpairs(swiss, lower = list(continuous = wrap("smooth")))

但是一旦我加入了黄土部分，它就不行了：

ggpairs(swiss, lower = list(continuous = wrap("smooth"), method = wrap("loess")))

我尝试了上面的代码行后出现了这个错误。

Error in value[3L] : 下列ggpair绘图函数是可以直接使用的：连续型：c('points', 'smooth', 'density', 'cor', 'blank') 组合型：c('box', 'dot', 'facethist', 'facetdensity', 'denstrip', 'blank') 离散型：c('ratio', 'facetbar', 'blank') na值： c('na', 'blank')

对角线连续型：c('densityDiag', 'barDiag', 'blankDiag') 对角线离散型：c('barDiag', 'blankDiag') 对角线na值：c('naDiag', 'blankDiag')

您也可以提供符合函数(data, mapping, ...){ . . . } api的自定义函数，返回一个ggplot2绘图对象。例如： my_fn <- function(data, mapping, ...){ p <- ggplot(data = data, mapping = mapping) + geom_point(...) p } ggpairs(data, lower = list(continuous = my_fn))

提供的函数：loess

显然，我在错误的位置输入了loess。有人能帮我理解如何添加loess部分吗？

请注意，我的问题与这个问题不同，因为我正在问如何在ggpairs中实现loess，而params参数已过时。

非常感谢。

- meenaparam

4个回答

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也许您正在学习Coursera在线课程回归模型，并尝试将课程提供的Rmarkdown文件转换为html文件，如同我一样遇到了以下错误。

我尝试的方法是：

require(datasets); data(swiss); require(GGally); require(ggplot2)
g = ggpairs(swiss, lower = list(continuous = wrap("smooth", method = "lm")))
g

你也可以尝试使用 method="loess"，但结果看起来与讲座中给出的略有不同。我认为 method = "lm" 可能更适合。

- scarain

谢谢您的建议，但是当我尝试您的代码时，出现了错误：未知参数：方法。 - meenaparam

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@meenaparam 在我的情况下，我没有任何错误。一些 R.version 输出：platform x86_64-pc-linux-gnu，os linux-gnu，version.string R version 3.3.3 (2017-03-06)。 - Cryptor

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现在这个对我起作用了，他们一定更新了 ggally，谢谢！ - meenaparam

是否有可能为SE设置alpha值？ - Adel

我已经运行了以下代码一段时间，没有任何问题。突然间出现了一个错误信息。我没有更新任何可能导致这个问题的软件包的最近更新。这是代码：`ggpairs(df, columns = c(2:5, 14), lower = list(continuous = wrap("smooth", method = "lm")),)`。错误信息如下：Error in wrap("smooth", method = "lm") : unused argument (method = "lm")。有人能够解释一下我在这里做错了什么吗？ - Tathagato

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我也猜测你正在上Coursera的课程。然而，我没有找到包含ggplot示例的github仓库。

这是我做的使它可行的方法：

gp = ggpairs(swiss, lower = list(continuous = "smooth"))
gp

- Firefighter1017

感谢@Firefighter1017，但这会给出一个线性拟合（lm），而不是我想要的loess平滑器。请参见上面@scarain的答案以使您的代码正常工作。 - meenaparam

0

这个代码可行： ggpairs(swiss, lower = list(continuous = wrap("smooth", method = "loess")))

- Murali

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- user20650 · Accepted Answer

一种快速的方法是编写自己的函数...下面的函数是从你问题中提供的ggpairs错误信息进行编辑的。

library(GGally)
library(ggplot2)    
data(swiss)

# Function to return points and geom_smooth
# allow for the method to be changed
my_fn <- function(data, mapping, method="loess", ...){
      p <- ggplot(data = data, mapping = mapping) + 
      geom_point() + 
      geom_smooth(method=method, ...)
      p
    }

# Default loess curve    
ggpairs(swiss[1:4], lower = list(continuous = my_fn))

# Use wrap to add further arguments; change method to lm
ggpairs(swiss[1:4], lower = list(continuous = wrap(my_fn, method="lm")))

这可能会对传递给每个geon_的参数有更多的控制。

  my_fn <- function(data, mapping, pts=list(), smt=list(), ...){
              ggplot(data = data, mapping = mapping, ...) + 
                         do.call(geom_point, pts) +
                         do.call(geom_smooth, smt) 
                 }

# Plot 
ggpairs(swiss[1:4], 
        lower = list(continuous = 
                       wrap(my_fn,
                            pts=list(size=2, colour="red"), 
                            smt=list(method="lm", se=F, size=5, colour="blue"))))