dotplot(ranef()) 绘制的置信区间和截距值。我该如何做？attach(sleepstudy)
library(lme4)
fm1 <- lmer(Reaction ~ Days + (Days | Subject), sleepstudy)
lattice::dotplot(ranef(fm1, condVar=TRUE))
我尝试探索列表对象 fm1，但找不到CI。
rr <- ranef(fm1) ## condVar = TRUE has been the default for a while
使用as.data.frame函数：可以得到条件模式和标准偏差，从中计算出区间（严格来说，这不是“置信区间”，因为BLUPs/条件模式的值不是参数...）
dd <- as.data.frame(rr)
transform(dd, lwr = condval - 1.96*condsd, upr = condval + 1.96*condsd)
或者使用 broom.mixed::tidy：
broom.mixed::tidy(m1, effects = "ran_vals", conf.int = TRUE)
broom.mixed::tidy()使用as.data.frame.ranef.mer() (也是由as.data.frame调用的方法)内部实现:该函数会提取?lme4::ranef中描述的相当复杂的数据结构，并以更加用户友好的格式提取条件模式和标准偏差:
如果‘condVar’为‘TRUE’，则‘"postVar"’属性是一个维度为j*j*k的数组(或者一列这样的数组)。该数组的第k个面是一个正定对称的j*j矩阵。如果模型中只有一个分组因素，则完整随机效应向量的方差-协方差矩阵，在模型参数和数据估计的条件下，将是块对角的。这个j*j矩阵是第k个对角块。有多个分组因素时，‘"postVar"’属性的面仍然是此条件方差-协方差矩阵的对角线块，但矩阵本身不再是块对角的。
在这个特定的情况中，要复制as.data.frame()中的condsd列，需要执行以下操作:
## get the 'postVar' attribute of the first (and only) RE term
aa <- attr(rr$Subject, "postVar")
## for each slice of the array, extract the diagonal;
## transpose and drop dimensions;
## take the square root
sqrt(c(t(apply(aa, 3, diag))))
as.data.frame.ranef.mer 的作用，以从 attr(rr$Subject, 'postVar')（假定）中获取条件SD吗？ - jay.sf
attach()（并且被认为是有害的）。 - Ben Bolker