使用h5py将光栅图像添加到HDF5文件

Question

使用h5py将光栅图像添加到HDF5文件

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如果我问的问题比较基础，我很抱歉，因为我对Python和HDF5都比较新。我正在使用h5py、numpy和Python 2.7。我有来自各种文件的数据需要导入到一个HDF5文件中。每个文件的数据都要存储在不同的组中。每个组都需要包含1）来自文件的原始数据作为m x n矩阵和2）从归一化的原始数据生成的图像光栅。

我能够完成第1部分，并能够规范化数据，但我无法将这些规范化的数据写入栅格图像，因为我不知道如何将栅格图像添加到组中。看起来应该有一种简单直接的方法来做到这一点，但我已经阅读了文档，没有找到一种方法。在h5py中如何实现这一点？如果不能使用h5py实现，我应该使用什么来完成这个任务呢？

谢谢！

- pyguy

光栅图像是numpy数组吗？数据也是一个数组吗？请重新阅读h5py文档。我相信numpy数组是您可以使用该软件包添加的基本数据单元。 - hpaulj

1

create_dataset是将numpy数组添加到组中的基本机制。请参考http://docs.h5py.org/en/latest/high/dataset.html。 - hpaulj

我可以将数据数组添加为m x n矩阵，但如何添加它以便显示为图像，例如这里的图像：链接，并使用h5py？ - pyguy

1

可能是h5py在其端口中未包含此图像API。您可能需要询问开发人员：https://github.com/h5py/h5py - hpaulj

2

为什么不将数组保存为原样, 然后有单独的 matplotlib 代码将其绘制为图像呢？ - abcd

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- Timothy Brown · Accepted Answer

在HDF5中，图像并没有特别之处。您提供的链接是高级库绑定。您可以同样轻松地使用HDF5中的图像规格说明，这些规格说明只是属性。

以下是一个非常简单粗糙的示例：

#!/usr/bin/env python

import numpy as np
import h5py

# Define a color palette
pal =  np.array([[0,     0, 168],
                 [0,     0, 252],
                 [0,   168, 252],
                 [84,  252, 252],
                 [168, 252, 168],
                 [0,   252, 168],
                 [252, 252,  84],
                 [252, 168,   0],
                 [252,   0,   0]],
                 dtype=np.uint8
               )

# Generate some data/image
x = np.linspace(0,pal.shape[0]-1)
data,Y = np.meshgrid(x,x)

# Create the HDF5 file
f = h5py.File('test.h5', 'w')

# Create the image and palette dataspaces
dset = f.create_dataset('img', data=data)
pset = f.create_dataset('palette', data=pal)

# Set the image attributes
dset.attrs['CLASS'] = 'IMAGE'
dset.attrs['IMAGE_VERSION'] = '1.2'
dset.attrs['IMAGE_SUBCLASS'] =  'IMAGE_INDEXED'
dset.attrs['IMAGE_MINMAXRANGE'] = np.array([0,255], dtype=np.uint8)
dset.attrs['PALETTE'] = pset.ref

# Set the palette attributes
pset.attrs['CLASS'] = 'PALETTE'
pset.attrs['PAL_VERSION'] = '1.2'
pset.attrs['PAL_COLORMODEL'] = 'RGB'
pset.attrs['PAL_TYPE'] = 'STANDARD8'

# Close the file
f.close()

运行示例，然后在HDFView中查看图像： Image within HDF5 file

请注意，您必须使用“Open As”打开图像数据才能将其视为图像，因为表格视图是默认选项。