更新conda中的scikit-learn（以及scipy和numpy）库。

Question

我想我在使用pip install时搞砸了，因为我应该使用conda。结果我无法将scikit-learn软件包更新到最新版本。我使用conda和pip卸载了scikit-learn，然后再次使用conda安装，但现在我导入sklearn时遇到问题:

Python 2.7.11 |Anaconda custom (x86_64)| (default, Dec  6 2015, 18:57:58) 
[GCC 4.2.1 (Apple Inc. build 5577)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
Anaconda is brought to you by Continuum Analytics.
Please check out: http://continuum.io/thanks and https://anaconda.org

from sklearn import metrics
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/Users/bowang/anaconda/lib/python2.7/site-packages/sklearn/metrics/__init__.py", line 7, in <module>
    from .ranking import auc
ImportError: No module named ranking 

同时也存在混淆，不知道它实际使用的是sklearn / numpy / scipy的哪个版本：

$ conda update scikit-learn
Using Anaconda Cloud api site https://api.anaconda.org
Fetching package metadata: ......
Solving package specifications: .........

# All requested packages already installed.
# packages in environment at /Users/bowang/anaconda:
#
scikit-learn              0.15.2               np18py27_0    http://repo.continuum.io/pkgs/free/osx-64/scikit-learn-0.15.2-np18py27_0.tar.bz2

$ conda update scipy
Using Anaconda Cloud api site https://api.anaconda.org
Fetching package metadata: ......
Solving package specifications: .........

# All requested packages already installed.
# packages in environment at /Users/bowang/anaconda:
#
scipy                     0.14.0               np18py27_0    http://repo.continuum.io/pkgs/free/osx-64/scipy-0.14.0-np18py27_0.tar.bz2

上文显示我仍无法更新到最新版本，但是：

$ python
Python 2.7.11 |Anaconda custom (x86_64)| (default, Dec  6 2015, 18:57:58) 
[GCC 4.2.1 (Apple Inc. build 5577)] on darwin
Type "help", "copyright", "credits" or "license" for more information.
Anaconda is brought to you by Continuum Analytics.
Please check out: http://continuum.io/thanks and https://anaconda.org
>>> import scipy
>>> scipy.__version__
'0.17.0'
>>> import numpy
>>> numpy.__version__
'1.11.0'
>>> import sklearn
>>> sklearn.__version__
'0.17.1'

有没有一种方法可以清理并解决所有混乱，让我更新并使用最新版本的sklearn / numpy / scipy？谢谢！

- Blue482

Answer 1

看起来conda报告的版本与你在运行Python时导入的版本不匹配。这使我想到你可能在多个位置安装了这些软件包，并且设置了$PYTHONPATH变量，以便Python可以找到不同的安装（有时安装某些工具包会在你的bash / sh启动脚本中添加此设置）。尝试运行：

conda list

$ echo $PYTHONPATH

如果这里显示了任何内容，请找到您的启动脚本并将其注释掉。 确保$PYTHONPATH为空后，尝试以下操作：

$ conda update conda  # make sure package listing is up-to-date
$ conda remove numpy scipy scikit-learn
$ conda install scikit-learn

那在过去通常对我起作用。

- jakevdp

---

谢谢J！$PYTHONPATH已经为空了，所以我使用conda卸载并安装了scikit-learn，现在我有了最新版本。只是再次确认一下，从现在开始，我将需要使用conda install来安装每个第三方Python包吗？还是我也可以使用pip install？ - Blue482

如果可能的话，我建议使用conda安装（它可以保持所有依赖项最新），但是如果一个包在conda中不可用，你也可以使用“pip”：首先执行“conda install pip”，如果你还没有安装。 - jakevdp

使用以下命令安装scikit-learn并升级：pip install --user --install-option="--prefix=" -U scikit-learn，有关安装和升级的帮助，请参阅http://scikit-learn.org/stable/developers/advanced_installation.html。 - Ruthger Righart

安装了两个 scipy（以及两个 numpy），一个在 conda 中，另一个在 /usr/local/lib/python3.5/dist-packages/ 中。使用 pip3 uninstall scipy 从 /usr/local/lib 卸载了这两个模块，然后 anaconda 又开始使用自己的安装，可以通过 conda update 进行更新。 - Aleksander Lidtke

Answer 2

注意：如果您正在使用Anaconda或Miniconda，请勿使用pip命令

我尝试了以下命令：

!conda update conda 
!pip install -U scikit-learn

它会安装所需的软件包，并在conda list中显示，但如果您尝试导入该软件包，则无法正常工作。

在http://scikit-learn.org/stable/install.html网站上提到： 警告：升级或卸载使用Anaconda或conda安装的scikit-learn时不应使用pip。

以下是我在Anaconda-Jupyter Notebook上为scikit-learn做出的努力：

将我的scikit-learn从0.19.1升级到在Google VM实例上安装的Ubuntu上的0.19.2：

在终端中运行以下命令：

首先，通过使用以下命令检查现有可用版本的软件包：

conda list    

它会在输出中显示不同的软件包及其安装版本。在此检查scikit-learn。例如，对于我来说，输出如下：

scikit-learn              0.19.1           py36hedc7406_0  

现在我想升级到0.19.2版本，也就是最新的2018年7月发布的版本。

conda config --append channels conda-forge
conda install scikit-learn=0.19.2

现在，请使用以下命令检查scikit-learn所需的版本是否已正确安装：

conda list 

对我来说，输出结果如下：

scikit-learn              0.19.2          py36_blas_openblasha84fab4_201  [blas_openblas]  conda-forge

- Yogesh Awdhut Gadade