仅绘制Dijkstra节点和边的Networkx网络

Question

我在使用Python中的Networkx计算Dijkstra最短路径时遇到了问题。我想仅绘制Djikstra方法返回的最短路径，因为要绘制的节点和边很多。

我已经有了：

A = nx.dijkstra_path(g,'source','target')

它运行良好。之后我有：

noCor = ["blue" if n in A else "red" for n in g.nodes()]
pos = nx.spring_layout(g)
nx.draw_networkx_nodes(g, pos=pos, node_color=noCor)
nx.draw_networkx_edges(g, pos=pos)
fig = plt.axis('off')
fig = plt.gcf()
fig.set_size_inches(52.08,52.08)
fig.savefig("Djikstra.png",dpi=96)

但它会保存所有的图表。能有人帮我吗？非常感谢！

- MattGA

Answer 1

TL/DR：只需执行以下操作：

pos = nx.spring_layout(g)
h = g.subgraph(A)
nx.draw_networkx_nodes(h,pos=pos, node_color='b') #or even nx.draw(h,pos=pos,node_color='b') to get nodes and edges in one command
nx.draw_networkx_edges(h,pos=pos)

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完整答案：

您只想绘制A中的节点和路径中的边缘。实际上，您可以完全避免使用noCor，使用指定要绘制哪些节点的nodelist参数即可。

nx.draw_networkx_nodes(g,pos=pos, nodelist = A, node_color = 'b')

要仅绘制与A对应的边缘，您需要找出这些边缘是什么。我所知道的最简单的方法是：

h = g.subgraph(A)

那么h是在节点A上诱导的子图。它包含A中所有的边。我有99.9%的把握（但没有通过正式证明进行验证），如果A是两个节点之间的最短路径（如Dijkstra返回的），则除了路径中的边之外，A中的节点之间就没有其他边。因此，h.edges()将给出A的边。

nx.draw_networkx_edges(g,pos=pos, edgelist = h.edges())

更紧凑的形式可以这样写：

pos = nx.spring_layout(g)
h = g.subgraph(A)
nx.draw_networkx_nodes(h,pos=pos, node_color='b') #or even nx.draw(h,pos=pos,node_color='b') to get nodes and edges in one command
nx.draw_networkx_edges(h,pos=pos)

您可能会问为什么我是以 g 为基础定义了 pos，而不是以 h 为基础。这是因为您可能希望稍后在您的图中或其他图中绘制一些其他节点，并且具有一致的位置是有用的。如果您只是以 h 为基础进行操作，它基本上会创建一条直线。

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关于您的命令 nx.draw_networkx_nodes(g, pos=pos, node_color=noCor) 的一些注释。这告诉它使用来自 noCor 的颜色绘制 g 中的所有节点 [它将根据颜色在 noCor 中出现的顺序以及节点在 g.nodes() 中出现的顺序对节点进行着色]。最后，请注意您需要使用 matplotlib 可识别的颜色（请参见 http://matplotlib.org/api/colors_api.html）。在这种情况下：

noCor = ["b" if n in A else "r" for n in g.nodes()]

- Joel

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抱歉，它只会绘制A中的节点和边（在这种情况下是最短路径）吗？！因为使用我的代码，我得到了所有节点（蓝色表示最短路径，红色表示同一图像中的其他节点），但我只想在图像中绘制蓝色的节点。谢谢 :) - MattGA

好的 - 你的代码看起来像是想用不同的颜色绘制节点。我已经进行了修改。 - Joel