Plotly - 在子图中使用形状定位

Question

我想绘制带有形状的多个子图。从下面的代码中，如果我显示一个图，我会得到以下图表： 当我在一个子图中放置4个这样的图时，我得到以下结果： 正如您所看到的，应该在每个子图上绘制的4条线都在左上角的原始位置上绘制了。有什么想法可以解决这个问题吗？

**编辑-使用“paper”

如果我在边缘形状的声明中使用“paper”作为xref和yref，则形状不会正确缩放。也许我在这里使用“paper”的上下文有误？我已经附上了下面的图片

library(plotly)
library(igraph)

tree <- make_tree(127,2)
tree_layout <- layout_as_tree(tree)
tree_layout_df <- as.data.frame(tree_layout)
Xn <- tree_layout_df[,1]
Yn <- tree_layout_df[,2]

edge_shapes  = list(
    type="line",
    line=list(color="#030303",width=5),
    opacity=0.3,
    x0 = 0, x1=0,
    x1 = 5,y1 = 5
)

reg_tree_plot <- plot_ly() %>%
    add_trace(x=~Xn[0:63], y=~Yn[0:63], type='scatter', width=700, height=500)

tree_layout <- layout(reg_tree_plot, shapes=edge_shapes)
x <- tree_layout
y <- tree_layout
z <- tree_layout

sub <- subplot(tree_layout,y,z,x,
              nrows=2,
              margin=0.05,
              shareX=FALSE,
              shareY=FALSE)

- Daniel Cole

---

你需要计算适当的纸张坐标。它们从左到右，从上到下为0-1。我认为这不是一个实际的解决方案。 - Mike Wise

请查看我们在 Github 上关于您的问题的讨论。我相信 Carson 是 plotly 的主要作者之一。https://github.com/ropensci/plotly/issues/1019 - 欢迎您加入并提出自己的想法和评论。 - Mike Wise

Answer 1

我认为这很明显是plotly中subplot的一个bug，可以进行补偿，但它很丑并需要维护。如果您将其发布到plotly网站并查看布局中的数据，则可以看到这一点。请注意，适当的坐标系似乎是：

• "x1"，"y1" - 第一个图 - 左上角
• "x2"，"y2" - 第二个图 - 右上角
• "x3"，"y3" - 第三个图 - 左下角
• "x4"，"y4" - 第四个图 - 留给读者作为练习

这里有几个问题：

• 形状被添加到布局中而没有正确的坐标引用。
• 第二个和第四个图的y坐标系与第一个和第三个图中的不同，并且可能与下一个问题有关。
• 第一个和第三个图的x轴没有被绘制，可能是由于坐标系也没有被设置正确，但是这些结构看起来很混乱，所以我没有仔细看。
• 我认为您的代码中有一个错别字，在创建edge_shape时两次指定了x0。

无论如何，这里有一些可以实现您想要的功能的代码（但存在轴错误）。

library(plotly)
library(igraph)

tree <- make_tree(127,2)
tree_layout <- layout_as_tree(tree)
tree_layout_df <- as.data.frame(tree_layout)
Xn <- tree_layout_df[,1]
Yn <- tree_layout_df[,2]

get_edgeshape <- function(xref,yref,xfak=1,yfak=1){
  edge_shapes  = list(
    type="rect",
    line=list(color="#030303",width=5),
    opacity=0.3,
    x0 = 0*xfak, x1 = 5*xfak,
    y0 = 0*yfak, y1 = 5*yfak,
    xref=xref,
    yref=yref
  )
}
reg_tree_plot <- plot_ly() %>%
  add_trace(x=~Xn[0:63], y=~Yn[0:63], type='scatter', width=700, height=500)

ycor1 <- 2
ycor2 <- 2*1.125
tree_layout <- layout(reg_tree_plot, shapes=get_edgeshape("x1","y1",yfak=ycor1))
x <-           layout(reg_tree_plot, shapes=get_edgeshape("x2","y2",yfak=ycor2))
y <-           layout(reg_tree_plot, shapes=get_edgeshape("x3","y3",yfak=ycor1))
z <-           layout(reg_tree_plot, shapes=get_edgeshape("x4","y4",yfak=ycor2))

sub <- subplot(tree_layout,y,z,x,
               nrows=2,
               margin=0.05,
               shareX=F,
               shareY=F)
sub

这里是结果：

以下是结果：

请注意，这不是一个很好的解决方案，如果您更改布局中的任何内容，您将需要微调参数。只有 plotly 修复才能真正解决问题。所以我在 GitHub 网站上将其作为一个问题进行了提交。

我正在使用来自 GitHub 的最新 plotly（4.7.0），使用 devtools::install_github("ropensci/plotly") 安装，并且这是我的 sessionInfo()：

R version 3.4.0 (2017-04-21)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)

Matrix products: default

locale:
[1] LC_COLLATE=English_United States.1252  LC_CTYPE=English_United States.1252    LC_MONETARY=English_United States.1252
[4] LC_NUMERIC=C                           LC_TIME=English_United States.1252    

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
[1] igraph_1.0.1  plotly_4.7.0  ggplot2_2.2.1

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] Rcpp_0.12.10      magrittr_1.5      devtools_1.12.0   munsell_0.4.3     xtable_1.8-2      viridisLite_0.2.0 colorspace_1.3-2 
 [8] R6_2.2.0          rlang_0.1.1       httr_1.2.1        plyr_1.8.4        dplyr_0.5.0       tools_3.4.0       grid_3.4.0       
[15] gtable_0.2.0      DBI_0.6-1         git2r_0.18.0      withr_1.0.2       crosstalk_1.0.0   htmltools_0.3.6   yaml_2.1.14      
[22] lazyeval_0.2.0    digest_0.6.12     assertthat_0.2.0  tibble_1.3.1      shiny_1.0.3       tidyr_0.6.3       purrr_0.2.2.2    
[29] htmlwidgets_0.8   curl_2.5          mime_0.5          memoise_1.1.0     compiler_3.4.0    scales_0.4.1      jsonlite_1.4     
[36] httpuv_1.3.3     

- Mike Wise

Answer 2

目前至少在使用subplot()时，形状和注释只能在纸张坐标系下重新缩放/重新定位，例如：

rect <- list(
  type = "rect",
  xref = "paper", yref = "paper",
  x0 = 0.5, x1 = 0.6, 
  y0 = 0.5, y1 = 0.6
)
p1 <- layout(plot_ly(), shapes = rect)
subplot(p1, p1)

您可以在此跟踪非纸质坐标的进展情况--https://github.com/ropensci/plotly/issues/1019

- Carson

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这可以被视为权威答案。 - Mike Wise

嗨，卡森，感谢您的回复。我已经更新了我的帖子，以说明当我将此应用于我的示例时会发生什么。 - Daniel Cole