使用Caret进行生存分析（随机生存森林）

Question

有没有一种方法可以使用caret进行生存分析。我非常喜欢它易于使用的特点。我尝试使用caret列表中的party包来拟合随机生存森林。

这个可以工作：

library(survival)
library(caret)
library(party)


fitcforest <- cforest(Surv(futime, death) ~ sex+age, data=flchain,
                     controls = cforest_classical(ntree = 1000))

但是使用 caret 时，我会收到一个错误：

fitControl <- trainControl(## 10-fold CV
  method = "repeatedcv",
  number = 10,
  repeats = 2,
)

cforestfit <- train(Surv(futime, death) ~ sex+age,data=flchain, method="cforest",trControl = fitControl)

我收到了这个错误信息：

Error: nrow(x) == length(y) is not TRUE

有没有办法让这些 Surv 对象与 caret 一起使用？我能否使用其他面向生存分析的包与 caret 一起使用？

谢谢。

- spore234

Answer 1

目前还没有。这是即将推出的两个主要更新之一（另一个扩展了预处理）。

如果您有兴趣帮助开发和/或测试这些功能，请与我联系。

谢谢，

马克斯

- topepo

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谢谢Max，但是“线下联系”意味着什么？写明信片吗？ :) - spore234

我猜 topepo 希望你能推断出他是这个软件包的维护者。只需在 R 控制台中键入 maintainer("caret")，它会返回他的电子邮件地址。 - IRTFM

@topepo：caret仍然没有生存分析接口吗？（这是在SO搜索“[r]survival”中最“相关”的结果，但它并不是一个特别有用的被接受的答案。） - IRTFM

Answer 2

我找不到使用caret训练生存模型的方法。作为替代方案，mlr框架（1）提供了一组生存学习器（2）。我发现mlr非常易于使用且有用。

1. mlr：http://mlr-org.github.io/mlr-tutorial/release/html/
2. 在mlr中的生存学习器：http://mlr-org.github.io/mlr-tutorial/release/html/integrated_learners/index.html#survival-analysis-15

- Michael

Answer 3

在R语言中，有越来越多的包用于建模生存数据，例如：

用于lasso和elastic nets的包：BioSpear。

用于随机森林的包：randomForestSRC。

祝好，Loic

- Loic Verlingue