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精算生存分析，分为区间

rstatisticsstataspsssurvival-analysis
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我正在尝试在R中创建精算生存分析（我正在遵循一些已有的示例）。我认为最好的方法是使用survival包。因此，代码应该类似于：

library(survival)
surv.test <- survfit(Surv(TIME,STATUS), data=test)

然而，为了得到正确的答案，我需要将TIME变量分成365天的间隔，但我不太清楚如何做到这一点，以便与给定结果相匹配。
据我所知，在survfit函数中没有选项可以做到这一点。我查阅了几个文档示例，但它们都没有尝试创建阶梯型图（有一个type='interval'选项，但似乎做的是不同的事情）。所以我想在应用survival函数之前重新分组我的数据？
有什么想法吗？
附言：在SPSS中，这将是INTERVAL = THRU 10000 BY 365；在Stata中是intervals(365) ... connect(stairsteps)。
不确定为什么这个问题被踩。我认为这不是一个不合理的问题，所以我给它点赞。现在TIME和STATUS变量是如何设置的？ - TARehman
什么有帮助的是提供一些可以运行的例子，并告诉我们为什么这个例子不对，以及我们应该做出哪些改变。 - BlueTrin
谁问我是否在BNPP工作？顺便说一下，答案是否定的。 - TARehman
为什么需要将TIME变量分成时间间隔？您是想绘制Kaplan-Meier曲线（有时称为阶梯图）吗？还是要将时间变化的协变量添加到模型中？这会产生很大的差异。 - nograpes
该表格大约包含9,400条事件记录，应该按年份进行分组（根据练习要求）。STATUS变量是简单的0、1变量，用于表示一个人是否进行了某种手术，而TIME变量则表示距离另一次手术的天数。很抱歉，我还不能发布图片。想象一下，在R中，绘制的是厚实的平线，而不是可以在SPSS和STATA输出中看到的宽阔步骤。我认为问题在于表格包含每日事件，步骤太小（TIME从0到6249）。 - Joanne Demmler
3个回答
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我猜你想将TIME变量分成时间间隔，因为你想绘制Kaplan-Meier曲线。在R中，这并不是必要的，你可以直接在survfit对象上调用plot函数。例如：
s=survfit(Surv(futime, fustat)~rx, data=ovarian)
plot(s)

enter image description here

我想我更好地理解了你的问题。你得到厚厚的黑线的原因是因为你有很多审查，并且在每个审查点都会绘制一个+，你可以使用mark.time=F关闭它。(你可以在?survival:::plot.survfit中看到其他选项)

然而，如果你仍然想按年份汇总，只需将随访时间除以365并向上取整。ceiling用于向上取整。以下是在没有审查的情况下按不同时间级别汇总的示例。

par(mfrow=c(1,3))
plot(survfit(Surv(ceiling(futime), fustat)~rx, data=ovarian),col=c('blue','red'),main='Day',mark.time=F)
plot(survfit(Surv(ceiling(futime/30), fustat)~rx, data=ovarian),col=c('blue','red'),main='Month',mark.time=F)
plot(survfit(Surv(ceiling(futime/365), fustat)~rx, data=ovarian),col=c('blue','red'),main='Year',mark.time=F)
par(mfrow=c(1,1))

但我认为绘制Kaplan-Meier曲线时不加入截尾符号会更美观，也能提供更多的见解。

enter image description here

由于我的TIME变量以天为单位，因此使用标准的<survfit>方法时，输出只会得到一条粗黑线。数据需要以年为间隔绘制，否则步骤将不可见。 - Joanne Demmler
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那正是我所缺少的！谢谢！

enter image description here

解决方案：

vas.surv <- survfit(Surv(ceiling(TIME/365), STATUS)~1, conf.type="none", data=vasectomy)
plot(vas.surv, ylim=c(0.975,1), mark.time=F, xlab="Years", ylab="Cumulative Survival")

一个不错的想法是在X轴上显示天数，而不是年份（在SPSS中），但我对此并不太在意。
这里有相当多的关于在SO上标记带有时间组件的轴的问题。随意浏览。 - Roman Luštrik
这个有点棘手，因为它不仅仅是重新标记轴（例如使用xaxt='n'抑制x轴的绘图，然后使用axis命令重新分配标签），而且刻度线的位置也会改变。 - Joanne Demmler
具体来说，请查看?survival:::plot.survfit以了解更多关于此绘图命令的信息。 - nograpes
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但是，要重新调整比例，您只需要使用“xscale”参数。因此，如果要将年转换为天，则应按比例缩放xscale=1/365。 - nograpes
太棒了！?survival:::plot.survfit 是一个很好的命令要记住！ - Joanne Demmler
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太好了，我现在应该能够发布图片了：

1）这是目前 R 基本生存图的样子 enter image description here

2）这是它应该看起来的样子（SPSS 示例） enter image description here

将图形添加到答案中是一个好主意。然而，您可以编辑您的答案，将图形放在那里，然后删除这个“答案”。 - nograpes
我认为应该将图片添加到原始问题中。 - Roman Luštrik
那个时间点无法添加图片，但下次会添加。 - Joanne Demmler
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