如何绘制带有显著性水平的箱线图？

Question

不久前我曾提出了一个关于绘制箱线图的问题Link1。

我已经获得了一些包含三个不同组（或标签）请在此处下载的数据。 我可以使用以下R代码获取箱线图：

library(reshape2)
library(ggplot2)

morphData <- read.table(".\\TestData3.csv", sep=",", header=TRUE);
morphData.reshaped <- melt(morphData, id.var = "Label")

ggplot(data = morphData.reshaped, aes(x=variable, y=value)) + 
  + geom_boxplot(aes(fill=Label))

我在思考如何将显著性水平放置在盒形图上方。为了让自己更清楚，我在这里放了一张来自论文的截图：

- Samo Jerom

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注释是您所需的“重要性”吗，就像summary.lm中有时会看到的与p值并列的重要性代码一样？鉴于背景，零假设是每对样本均具有相同均值？ ggplot对您来说是必须的吗？ - vpipkt

Answer 1

我知道这是一个老问题，DatamineR的答案已经提供了其中一个解决方法。但我最近创建了一个ggplot扩展程序，简化了添加显著性条的整个过程：ggsignif。

不必费力地添加geom_line和annotate到您的图中，只需添加单个层geom_signif即可：

library(ggplot2)
library(ggsignif)

ggplot(iris, aes(x=Species, y=Sepal.Length)) + 
  geom_boxplot() +
  geom_signif(comparisons = list(c("versicolor", "virginica")), 
              map_signif_level=TRUE)

该包的完整文档可在 CRAN 上找到。

- const-ae

Answer 2

我不太明白你所说的带有显著性水平的箱线图是什么意思，但是我有一个建议可以生成这些条形图：我会构建包含条形图坐标的小型数据框架。以下是一个例子：

pp <- ggplot(mtcars, aes(factor(cyl), mpg)) + geom_boxplot()
df1 <- data.frame(a = c(1, 1:3,3), b = c(39, 40, 40, 40, 39))
df2 <- data.frame(a = c(1, 1,2, 2), b = c(35, 36, 36, 35))
df3 <- data.frame(a = c(2, 2, 3, 3), b = c(24, 25, 25, 24))

pp + geom_line(data = df1, aes(x = a, y = b)) + annotate("text", x = 2, y = 42, label = "*", size = 8) +
     geom_line(data = df2, aes(x = a, y = b)) + annotate("text", x = 1.5, y = 38, label = "**", size = 8) +
     geom_line(data = df3, aes(x = a, y = b)) + annotate("text", x = 2.5, y = 27, label = "n.s.", size = 8)

- DatamineR

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谢谢您的回答！不过，如果您的ggplot有fill = factor(cyl)，那么这个方法可能不起作用。您有什么想法是为什么吗？ - Parsa

@par 你把它放在哪里了？如果你把它放在 geom_boxplot(aes(fill=factor(cyl))) 中，它就能工作了... - DatamineR

你必须将填充或颜色添加到各个几何对象中，而不是添加到 ggplot 的主要调用中；否则，ggplot 将把你的 aes() 参数视为全局参数，并且在后续对 geom 的调用中找不到它。虽然谢谢你的回答，但事实证明这很容易做到！ - pat_krat