在R中获取生存估计

Question

我想在特定时间获取不同人的生存率估计。

我的代码如下：

s = Surv(outcome.[,1], outcome.[,2])        
survplot= (survfit(s ~ person.list[,1]))  
plot(survplot, mark.time=FALSE)            

summary(survplot[1], times=4)[1]           

这段代码创建了一个生存对象，为每个人创建了一条生存曲线，并绘制了每条曲线。通过使用summary函数，我可以获取在time = 4时第1个人的生存估计。

我正试图创建一个在指定时间(time = 4)下每个人的生存估计列表。

任何帮助将不胜感激。

谢谢， Matt

- Matt

Answer 1

如果你所说的都是真的，那么这是使用索引作为参数生成列表的典型方式：

 t4list <- lapply(1:11, function(x) summary(survplot[x], times=4)[1] )
 t4list

如果您的意思是要在那个时间点基于生存估计得到矢量，那么sapply会尝试将结果简化为原子形式，如数字向量或矩阵（如果结果是“多维”的情况）。我认为您只需要使用以下命令就可以得到有效的结果：

summary(survplot, times=4)[1]

假设有预测生存时间的向量，那么上述操作应该成功。如果你太贪心，将“times”值推出估计值范围之外，那么就会出现错误。有讽刺意味的是，只要所有协变量层次都有一个估计时间点，那么就不会触发这个错误。以帮助页面中的示例为起点：

fit <- survfit(Surv(time, status) ~ x, data = aml) 
summary(fit, times=c(10, 20, 60) )[1]
#$surv
#[1] 0.9090909 0.7159091 0.1840909 0.6666667 0.5833333
# not very informative about which times and covariates were estimated 
# and which are missing

# this is more informative
as.data.frame( summary(fit, times=c(10, 20, 60) )[c("surv", "time", "strata")])
       surv time          strata
1 0.9090909   10    x=Maintained
2 0.7159091   20    x=Maintained
3 0.1840909   60    x=Maintained
4 0.6666667   10 x=Nonmaintained
5 0.5833333   20 x=Nonmaintained

如果您只使用60，将收到错误消息：

> summary(fit, times=c( 60) )[1]
Error in factor(rep(1:nstrat, scount), labels = names(fit$strata)) : 
  invalid labels; length 2 should be 1 or 1

- IRTFM

---

非常感谢您。as.data.frame 代码片段非常好！ - Matt

使用 str() 查看 summary(fit) 对象非常有用。 - IRTFM