将调用bash脚本时传入的参数传递到R脚本

Question

我有一个bash脚本，它执行一些操作，然后调用Rscript。以下是一个简单的示例：

test.sh:

Rscript test.r

test.r:

args <- commandArgs()
print(args)

如何在命令行上使用./test.sh hello，使得 R 打印出 hello？

- PascalVKooten

Answer 1

您可以使用以下方式在bash脚本中将所有参数传递给R脚本：

```bash #!/bin/bash Rscript your_script.R "$@" ```

其中，`"$@"`表示将所有参数作为一个列表传递给R脚本。

#!/bin/bash

Rscript /path/to/R/script --args "$*"

exit 0

然后，您可以选择在R内丢弃$*的多少个参数。

- asb

Answer 2

我注意到处理这个问题的方法是： test.sh:

Rscript test.r $1

test.r:

args <- commandArgs(TRUE)
print(args)

$1代表传递给bash脚本的第一个参数。

当调用commandArgs()而不是commandArgs(TRUE)时，它不会从bash传递，而是会打印内部调用的其他参数。

- PascalVKooten

Answer 3

关于asb的回答：

在bash脚本行中加入“--args”是无效的，因为“--args”会被当作我要传递给R脚本的实际参数的字面量。将其删除即可，例如：“Rscript /path/to/my/rfile.R arg1 arg2”。

bash版本：GNU bash，版本3.2.25(1)-release (x86_64-redhat-linux-gnu) Rscript版本：R脚本前端版本3.0.1 (2013-05-16)

- X.X

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我发现将TRUE参数传递给commandArgs()，可以与此代码结合使用。 - Chris