我正在探索一些数据,因此我想做的第一件事是尝试将正态(高斯)分布拟合到它上面。这是我第一次在R中尝试这样做,所以我会一步一步来。首先,我预先将我的数据进行了分箱:
myhist = data.frame(size = 10:27, counts = c(1L, 3L, 5L, 6L, 9L, 14L, 13L, 23L, 31L, 40L, 42L, 22L, 14L, 7L, 4L, 2L, 2L, 1L) )
qplot(x=size, y=counts, data=myhist)
由于我想要计数,因此我需要添加一个标准化因子(N)来扩大密度:
fit = nls(counts ~ N * dnorm(size, m, s), data=myhist, start=c(m=20, s=5, N=sum(myhist$counts)) )
然后我创建了适合显示的拟合数据,一切都很顺利:
x = seq(10,30,0.2)
fitted = data.frame(size = x, counts=predict(fit, data.frame(size=x)) )
ggplot(data=myhist, aes(x=size, y=counts)) + geom_point() + geom_line(data=fitted)
我很兴奋地发现了这个帖子,其中讨论了使用geom_smooth()一步完成所有操作的方法,但我无法使其工作:
以下是我的尝试和结果:
ggplot(data=myhist, aes(x=size, y=counts)) + geom_point() + geom_smooth(method="nls", formula = counts ~ N * dnorm(size, m, s), se=F, start=list(m=20, s=5, N=300, size=10))
Error in method(formula, data = data, weights = weight, ...) :
parameters without starting value in 'data': counts
这个错误似乎表明它正在尝试拟合观察变量counts,但这没有任何意义,如果我为counts指定一个“起始”值,它会可预见地崩溃:
fitting parameters ‘m’, ‘s’, ‘N’, ‘size’, ‘counts’ without any variables
Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'counts' not found
有什么想法我做错了什么?当然这不是世界末日,但步骤越少越好,而且您总是能够提供最优雅的解决方案来完成这些常见任务。
先行致谢!
Jeffrey
nls
吗?使用简单的ggplot(myhist,aes(x = size,y = counts))+ geom_point()+ geom_smooth()
可以获得一个更不起眼的loess fit。虽然我希望有人能够解释如何让nls
工作...这相当神秘。 - Matt Parker