从NumPy数组创建Nifti文件

Question

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我有一个NumPy数组，想将其转换为NIfTI文件。通过文档，似乎PyNIfTI曾经可以使用以下方式实现：

image=NiftiImage(Array)

然而，PyNIfTI已不再得到支持。NiBabel是PyNIfTI的继任者，但似乎不支持此函数。我可能遗漏了什么。有人知道如何解决吗？

- Michelle

2个回答

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接受的答案已经足够了。我在此补充一些详细的解释。

import nibabel as nib
import numpy as np

data = np.arange(4*4*3).reshape(4,4,3)

new_image = nib.Nifti1Image(data, affine=np.eye(4))

该函数 np.eye(n) 返回一个n乘n的单位矩阵。
在这里，np.eye(4) 用于生成4乘4的矩阵，因为Nifti处理4乘4文件格式。所以，将3乘3矩阵通过与4乘4单位矩阵相乘转换为4乘4矩阵。

因此，始终使用affine = np.eye(4)即可。

同样适用于Nifti1Image和Nifti2Image。

- shantanu pathak

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可以查看英文原文，
原文链接

- Oliver W. · Accepted Answer

新版NiBabel包中的替换函数被称为Nifti1Image。但是，您需要传递仿射变换来定义该图像相对于某个参考框架的位置。

最简单的形式如下：

import nibabel as nib
import numpy as np

data = np.arange(4*4*3).reshape(4,4,3)

new_image = nib.Nifti1Image(data, affine=np.eye(4))

你也可以使用Nifti2Image将数据写入NIfTI-2文件格式，这也需要仿射变换。