如何在nibabel中将3D numpy数组转换为nifti图像？

Question

如何在nibabel中将3D numpy数组转换为nifti图像？

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从这个问题如何将Nifti文件转换为Numpy数组？，我创建了一个nifti图像的3D numpy数组。我对这个数组进行了一些修改，比如通过添加零填充来改变数组的深度。现在我想将这个数组转换回nifti图像，怎么做？

我尝试过：

imga = Image.fromarray(img, 'RGB')
imga.save("modified/volume-20.nii")

但是它无法识别nii扩展名。我也尝试过：

nib.save(img,'modified/volume-20.nii')

这也无法运行，因为如果我想使用nib.save功能，img必须是nibabel.nifti1.Nifti1Image格式。在上述两个示例中，img都是一个三维numpy数组。

- Prvt_Yadav

1个回答

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可以查看英文原文，
原文链接

- seralouk · Accepted Answer

假设您有一个NumPy数组，想要使用nib.save函数，您需要先获取仿射变换。

示例：

# define the path to the data
func_filename = os.path.join(data_path, 'task-rest_bold.nii.gz')

# load the data
func = nib.load(func_filename)

# do computations that lead to a 3D numpy array called "output"
# bla bla bla
# output = np.array(....)

# to save this 3D (ndarry) numpy use this
ni_img = nib.Nifti1Image(output, func.affine)

nib.save(ni_img, 'output.nii.gz')

现在，您将能够将output.nii.gz叠加到 task-rest_bold.nii.gz 上。