我想在R中叠加两个散点图，使每组数据点都有自己的（不同的）y轴（即在图中位置2和4），但数据点出现在同一张图中。
使用plot命令可以实现吗？
编辑：示例代码说明了问题：
# example code for SO question
y1 <- rnorm(10, 100, 20)
y2 <- rnorm(10, 1, 1)
x <- 1:10
# in this plot y2 is plotted on what is clearly an inappropriate scale
plot(y1 ~ x, ylim = c(-1, 150))
points(y2 ~ x, pch = 2)
更新：从R wiki获取的内容已经失效，原链接为http://rwiki.sciviews.org/doku.php?id=tips:graphics-base:2yaxes，但现在已无法访问。可以通过wayback machine查看。
请注意，在很少情况下使用同一图上的两个不同的刻度是合适的，因为这容易误导图形的观察者。可参考以下两个例子和对此问题的评论：example1，example2(来自Junk Charts)，以及Stephen Few的文章（其中指出：“我当然不能最终得出这样的结论：带有双刻度轴的图表从未有用过，只是在我考虑到其他更好的解决方案时，我无法想到需要它们的情况。”）。还可以参见这个漫画中的第4点...
如果您仍然坚持要绘制同一图上的两种不同y轴，基本方法是先创建第一个图并设置par(new=TRUE)以防止R清除图形设备；创建第二个图时使用axes=FALSE（并将xlab和ylab设置为空，也可以使用ann=FALSE），再使用axis(side=4)在右侧添加新轴，使用mtext(...,side=4)在右侧添加轴标签。以下是使用一些虚构数据的示例：
set.seed(101)
x <- 1:10
y <- rnorm(10)
## second data set on a very different scale
z <- runif(10, min=1000, max=10000)
par(mar = c(5, 4, 4, 4) + 0.3) # Leave space for z axis
plot(x, y) # first plot
par(new = TRUE)
plot(x, z, type = "l", axes = FALSE, bty = "n", xlab = "", ylab = "")
axis(side=4, at = pretty(range(z)))
mtext("z", side=4, line=3)
plotrix包中的twoord.plot()函数和latticeExtra包中的doubleYScale()函数可以自动化这个过程。
另一个例子（摘自Robert W. Baer在R邮件列表上的帖子）：
## set up some fake test data
time <- seq(0,72,12)
betagal.abs <- c(0.05,0.18,0.25,0.31,0.32,0.34,0.35)
cell.density <- c(0,1000,2000,3000,4000,5000,6000)
## add extra space to right margin of plot within frame
par(mar=c(5, 4, 4, 6) + 0.1)
## Plot first set of data and draw its axis
plot(time, betagal.abs, pch=16, axes=FALSE, ylim=c(0,1), xlab="", ylab="",
type="b",col="black", main="Mike's test data")
axis(2, ylim=c(0,1),col="black",las=1) ## las=1 makes horizontal labels
mtext("Beta Gal Absorbance",side=2,line=2.5)
box()
## Allow a second plot on the same graph
par(new=TRUE)
## Plot the second plot and put axis scale on right
plot(time, cell.density, pch=15, xlab="", ylab="", ylim=c(0,7000),
axes=FALSE, type="b", col="red")
## a little farther out (line=4) to make room for labels
mtext("Cell Density",side=4,col="red",line=4)
axis(4, ylim=c(0,7000), col="red",col.axis="red",las=1)
## Draw the time axis
axis(1,pretty(range(time),10))
mtext("Time (Hours)",side=1,col="black",line=2.5)
## Add Legend
legend("topleft",legend=c("Beta Gal","Cell Density"),
text.col=c("black","red"),pch=c(16,15),col=c("black","red"))
类似的方法可以用于将不同类型的图表叠加在一起，如条形图、直方图等。
axis(1,pretty(range(time),10)) 这一行代码？ - k.dkhk如果您可以放弃比例/轴标签，则可以将数据重新调整为(0，1)间隔。例如，这适用于染色体上不同的"wiggle"轨迹，当您通常对轨迹之间的局部相关性感兴趣时，它们具有不同的比例（覆盖范围为千分之一，Fst 0-1）。
# rescale numeric vector into (0, 1) interval
# clip everything outside the range
rescale <- function(vec, lims=range(vec), clip=c(0, 1)) {
# find the coeficients of transforming linear equation
# that maps the lims range to (0, 1)
slope <- (1 - 0) / (lims[2] - lims[1])
intercept <- - slope * lims[1]
xformed <- slope * vec + intercept
# do the clipping
xformed[xformed < 0] <- clip[1]
xformed[xformed > 1] <- clip[2]
xformed
}
接着，如果你有一个包含 chrom、position、coverage 和 fst 列的数据框，你可以这样做：
ggplot(d, aes(position)) +
geom_line(aes(y = rescale(fst))) +
geom_line(aes(y = rescale(coverage))) +
facet_wrap(~chrom)
另一种类似于@BenBolker所接受的答案的替代方案是在添加第二组点时重新定义现有绘图的坐标。
这里是一个最小的例子。
数据：
x <- 1:10
y1 <- rnorm(10, 100, 20)
y2 <- rnorm(10, 1, 1)
情节：
par(mar=c(5,5,5,5)+0.1, las=1)
plot.new()
plot.window(xlim=range(x), ylim=range(y1))
points(x, y1, col="red", pch=19)
axis(1)
axis(2, col.axis="red")
box()
plot.window(xlim=range(x), ylim=range(y2))
points(x, y2, col="limegreen", pch=19)
axis(4, col.axis="limegreen")
title("my plot", adj=0)
mtext("2nd y axis", side = 4, las=3, line=3, col="limegreen")
mtext("1st y axis", side = 2, las=3, line=3, col="red")
一种选择是将两个图并排放置。使用facet_wrap()，ggplot2提供了一个很好的选项：
dat <- data.frame(x = c(rnorm(100), rnorm(100, 10, 2))
, y = c(rnorm(100), rlnorm(100, 9, 2))
, index = rep(1:2, each = 100)
)
require(ggplot2)
ggplot(dat, aes(x,y)) +
geom_point() +
facet_wrap(~ index, scales = "free_y")
plotrix 包中使用 twoord.stackplot() 绘制具有两个纵轴的图表。data<-read.table(text=
"e0AL fxAL e0CO fxCO e0BR fxBR anos
51.8 5.9 50.6 6.8 51.0 6.2 1955
54.7 5.9 55.2 6.8 53.5 6.2 1960
57.1 6.0 57.9 6.8 55.9 6.2 1965
59.1 5.6 60.1 6.2 57.9 5.4 1970
61.2 5.1 61.8 5.0 59.8 4.7 1975
63.4 4.5 64.0 4.3 61.8 4.3 1980
65.4 3.9 66.9 3.7 63.5 3.8 1985
67.3 3.4 68.0 3.2 65.5 3.1 1990
69.1 3.0 68.7 3.0 67.5 2.6 1995
70.9 2.8 70.3 2.8 69.5 2.5 2000
72.4 2.5 71.7 2.6 71.1 2.3 2005
73.3 2.3 72.9 2.5 72.1 1.9 2010
74.3 2.2 73.8 2.4 73.2 1.8 2015
75.2 2.0 74.6 2.3 74.2 1.7 2020
76.0 2.0 75.4 2.2 75.2 1.6 2025
76.8 1.9 76.2 2.1 76.1 1.6 2030
77.6 1.9 76.9 2.1 77.1 1.6 2035
78.4 1.9 77.6 2.0 77.9 1.7 2040
79.1 1.8 78.3 1.9 78.7 1.7 2045
79.8 1.8 79.0 1.9 79.5 1.7 2050
80.5 1.8 79.7 1.9 80.3 1.7 2055
81.1 1.8 80.3 1.8 80.9 1.8 2060
81.7 1.8 80.9 1.8 81.6 1.8 2065
82.3 1.8 81.4 1.8 82.2 1.8 2070
82.8 1.8 82.0 1.7 82.8 1.8 2075
83.3 1.8 82.5 1.7 83.4 1.9 2080
83.8 1.8 83.0 1.7 83.9 1.9 2085
84.3 1.9 83.5 1.8 84.4 1.9 2090
84.7 1.9 83.9 1.8 84.9 1.9 2095
85.1 1.9 84.3 1.8 85.4 1.9 2100", header=T)
require(plotrix)
twoord.stackplot(lx=data$anos, rx=data$anos,
ldata=cbind(data$e0AL, data$e0BR, data$e0CO),
rdata=cbind(data$fxAL, data$fxBR, data$fxCO),
lcol=c("black","red", "blue"),
rcol=c("black","red", "blue"),
ltype=c("l","o","b"),
rtype=c("l","o","b"),
lylab="Años de Vida", rylab="Hijos x Mujer",
xlab="Tiempo",
main="Mortalidad/Fecundidad:1950–2100",
border="grey80")
legend("bottomright", c(paste("Proy:",
c("A. Latina", "Brasil", "Colombia"))), cex=1,
col=c("black","red", "blue"), lwd=2, bty="n",
lty=c(1,1,2), pch=c(NA,1,1) )
ggplot2的答案和讨论：https://dev59.com/V3A75IYBdhLWcg3wy8br（在SO上搜索“[r] two y-axes”或“[r] twoord.plot”）——虽然有一些其他相关的答案，但（令我惊讶的是，因为这是一个R常见问题解答）没有完全相同的东西。 - Ben Bolker