在另一个Rmd文件中提取Rmd文件的源代码

Question

在另一个Rmd文件中提取Rmd文件的源代码

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我试图让我的代码更加模块化：在一个脚本中加载和清理数据，在另一个脚本中进行分析等。如果我使用R脚本，只需在analysis.R中调用data_setup.R的source函数即可。但我想在一个Rmarkdown文档中记录我所做出的决策，包括数据设置和分析。因此，我正在尝试编写某种source_rmd函数，以便可以将data_setup.Rmd中的代码源自到analysis.Rmd中。

我尝试过的方法：

如何像“source('myfile.r')”那样源R Markdown文件？的回答无法处理重复的代码块名称（因为名称为setup的代码块在Rstudio的笔记本处理中具有特殊行为）。如何将两个RMarkdown (.Rmd)文件组合成单个输出？旨在组合整个文档，而不仅仅是来自一个文档的代码，并且需要唯一的代码块名称。我尝试了生成动态R Markdown块中建议的使用knit_expand，但我必须使用双大括号中的变量来命名代码块，而且我真的希望这对我的合作者也很容易使用。使用嵌套knit调用以修复重复块标签错误中建议的knit_child仍然会给我带来重复的标签错误。

- Empiromancer

避免重复标签错误的一个技巧是简单地不使用标签。当使用子文档时，这通常是人们所做的。 - Brandon Bertelsen

@BrandonBertelsen 对于我来说，调整我的工作流程并不是太大的问题，但我也想为我的合作者提供这个功能，让他们更轻松地编写具有更好工作流程的代码。因此，理想情况下，我正在寻找一些方法，使其能够抵御可能对Rmd文档进行的各种操作。如果我让它过于复杂，我担心人们根本不会将它们分离开来。（此外，R笔记本会以不同的方式处理命名为“setup”的块，因此每个文档都需要一个这样的块，在其独立运行时运行）。 - Empiromancer

我不知道有什么解决办法。我自己也有同样的问题。我通常会将我的子文档留下没有YAML头和没有块标签。也许这是你把它们组合在一起的过程的一部分（去除块标签和YAML）。如果子文档本身也能完全可重复，那就太好了。 - Brandon Bertelsen

正如事实所证明的那样，Yuhui添加了处理重复块标签的能力作为一个选项，这绕过了许多解决方案中的主要问题。 - Empiromancer

1个回答

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原文链接

- Empiromancer · Accepted Answer

经过进一步搜索，我找到了解决方案。在knitr中有一个包选项，可以设置以更改处理重复代码块的行为，将一个数字附加在它们的标签后面，而不是出现错误。请参见https://github.com/yihui/knitr/issues/957。

要设置此选项，请使用options(knitr.duplicate.label = 'allow')。

为了完整起见，我编写的函数的全部代码如下：

source_rmd <- function(file, local = FALSE, ...){
  options(knitr.duplicate.label = 'allow')

  tempR <- tempfile(tmpdir = ".", fileext = ".R")
  on.exit(unlink(tempR))
  knitr::purl(file, output=tempR, quiet = TRUE)

  envir <- globalenv()
  source(tempR, local = envir, ...)
}