在从主文件.R中编织.Rmd文件时，找不到.rmd块中的文件源问题。

Question

假设我有一个项目目录，叫做"testknit"(实际上就是这个名字，可参考MRE的github), 目录下包含多个子目录，其中包括一个"scripts"目录，用于存储".R"和".rmd"文件。

在RStudio中，我创建了一个项目并选择了"testknit"目录，这样当我打开项目时，工作目录就是"mypath/testknit"。

在"testknit/scripts"目录中，我有一个"master.R"文件。如果我想要引用一个名为"testsource1.R"的文件，它也在"testknit/scripts"目录中，我可以在"master.R"文件中运行"source("scripts/testsource1.R")"。

library(knitr)
getwd()
# [1] "mypath/testknit"
source("scripts/testsource1.R")

到目前为止，一切都很好。

但是假设我还想编织一个名为 test.rmd 的文件，它位于 testknit/scripts 中。 我可以从 master.R 运行 knit("scripts/test.rmd")。

我的 test.rmd 文件执行以下操作：

```{r setup}
  library(knitr)
  opts_knit$set(root.dir='../')
```

```{r option1}
  source("scripts/testsource2.R")
```

```{r option2}
  source("testsource2.R")
```

自从test.rmd存在于testknit/scripts中，因此我在第一个代码块中指定opts_knit$set(root.dir='../')，以便knitr知道我的根目录实际上是向上一级。

当我在RStudio中打开test.rmd并单击knit HTML时，显然option1代码块可以工作而option2代码块无法工作。

但是，当我尝试从master.R运行knit("scripts/test.rmd")而不是从.rmd文件中编织时，两个选项都无法正常工作。两者都返回找不到该名称的文件的错误。

我做错了什么？为什么在从主.R中编织.rmd文件时R找不到testsource2.R？

请参见上面的github链接以获取可重现的示例。

更新：

如我在下面的评论中所述，我尝试在opts_knit$set之前添加wd <- getwd()并将(root.dir='../')更改为(root.dir=wd)。因此，当我从master.R运行knit("scripts/test.rmd")时，由于我添加的wd被设置为mypath/testknit/scripts，因此选项2代码块运行。但是，如果我打开.rmd文件并运行所有代码块，则wd将设置为根目录mypath/testknit，并且选项1代码块将运行。

我需要工作目录保持项目根目录。对我来说，这似乎不是一种优雅的解决方案，但更改：

```{r setup}
  library(knitr)
  opts_knit$set(root.dir='../')
```

to

```{r setup}
  library(knitr)
  wd <- ifelse(basename(getwd())=="scripts", 
               gsub("/scripts", "", getwd()),
               getwd())
  opts_knit$set(root.dir=wd)
```

当我在.rmd文件中或从master.R运行knit("scripts/test.rmd")时，可以让我运行所有块。这种方法虽然可行，但感觉并不是最佳选择。

- Eric Green

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不知道，但为什么不通过在每个代码块中添加getwd()调用来进一步检测你的.rmd文件呢？ - Ben Bolker

@BenBolker，我在opts_knit$set(root.dir=wd)之前添加了wd <- getwd()。我不知道为什么，但现在当我从master.R运行knit("scripts/test.rmd")时，wd被设置为mypath/testknit/scripts，因此option2块运行。但是，如果我打开.rmd文件并运行所有块，则wd设置为根目录mypath/testknit，并且option1块运行。你知道为什么从master.R运行knit("scripts/test.rmd")时，wd会从mypath/testknit更改为mypath/testknit/scripts吗？ - Eric Green

也许您可以使用 normalizePath('../') 将 ../ 转换为绝对路径。相对工作目录可能会让人感到困惑（至少我在阅读太多级别的相对路径后会感到头痛 :）。顺便说一下，当您在 RStudio 中编织 HTML 时，RStudio 首先将工作目录更改为输入的 Rmd 文件所在目录。 - Yihui Xie

没问题。只要让我知道这个瞎猜是否有效 :) - Yihui Xie

是的！只需使用opts_knit$set(root.dir=normalizePath('../'))就可以从master.R中编织.rmd文件并将其编织为html或从.rmd内运行所有块。我更新了GitHub示例。test-b.rmd现在显示了这一点。谢谢！如果您创建一个答案，我会选择它。 - Eric Green

Answer 1

@Yihui: 或许你可以使用 normalizePath('../') 将 ../ 转换成绝对路径。相对工作目录可能会让人感到困惑（我至少看了太多级别的相对路径之后头痛）。顺带一提，当你在 RStudio 中编织 HTML 时，RStudio 会首先将工作目录更改为输入的 Rmd 文件。

我：是的！只需要使用 opts_knit$set(root.dir=normalizePath('../')) 即可从 master.R 编制 .rmd 文件，并将其编织为 HTML 或在 .rmd 中运行所有块。我已经更新了github 示例。现在，test-b.rmd 显示出这一点。谢谢！

- Eric Green