R Markdown在任何Rmd文件中编织时，在evaluate_call(...)发生错误

Question

我无法再将我的Rmd文件编译成PDF或HTML了。每次都会出现相同的错误信息：

第9行 Error in evaluate_call(expr, parsed$src[[i]], envir = envir, enclos=enclos, : unused argument (include_timing = include_timing) Calls: ... call_block -> block_exec -> in_dir -> evalute -> evalute_call Execution halted

第9行是在打开新的R Markdown文件时自动生成的一行： {r setup, include=FALSE} knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE) 我尝试删除它，将TRUE改为FALSE，甚至删除其中的一部分。但它仍然停留在同一行并给出相同的错误信息。

- Jen Mo

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请尝试使用 knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, eval = FALSE)。 - Xinlu

这个问题在Rstudio 1.00.12和bookdown的dev版本上没有出现。但是当我升级到Rstudio 1.00.44和bookdown 0.1的发布版本后，它就出现了。 - Junchen

knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE, eval = FALSE) 对我来说已经修复了这个错误。 - chandler

我不明白关闭评估如何成为解决方案，难道不是包含R代码的表达式被评估的重点吗？ - user1603472

Answer 1

如果你仍然收到相同的错误，Yihui在上面链接的答案中建议更新evaluate包。当我更新后，错误停止了。我目前正在运行3.3.1。

Yihui在这里的knitr FAQ1中提供了指导：https://github.com/yihui/knitr/blob/master/FAQ.md。

- elmuertefurioso

Answer 2

当我试图更新knitr到1.13或1.14版本时，我遇到了同样的问题。如果我尝试使用R版本3.2.x或3.3.x进行编织，就会出现相同的错误。建议使用下面的方法恢复到knitr 1.12版本。使用1.12版本我不会出现上述错误。

包含如下代码： packageurl <- "http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/knitr/knitr_1.12.tar.gz" install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source") 来自此答案：getting a parser_all error in R when using knitr for converting a basic Rmd file into HTML 。仍然不确定问题所在。

- ArcherT

Answer 3

我遇到了这个问题，经过几个小时的代码争论后，我只是更新了R中的所有软件包，问题就解决了！太开心了。即使是r studio自动创建的r markdown测试文档也出现了这个问题，但这个方法解决了它。

- Amy

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实际上，这个评论并不是一个答案。 - jordiburgos

Answer 4

这个问题是由于knitr将其默认的“evaluate”钩子定义为：

.default.hooks = list(
  # ...
  evaluate = evaluate::evaluate
  # ...
)

当安装了evaluate-1.0（或更高版本）时，首次安装了knitr包。这些版本具有可选的include_timing参数的evaluate::evaluate。knitr钩子代码有效地缓存了evaluate::evaluate的实现，因为它被安装+编译。

稍后，在系统上安装了evaluate-0.9（或更早版本）。您无法再编织文档，因为knitr仍在使用其缓存的evaluate-0.10版本的evaluate::evaluate - 它尝试将include_timing参数传递给evaluate::evaluate_call。这是evaluate-0.9版本的evaluate::evaluate_call，不需要include_timing参数。炸裂。错误。

这在此处报告（现已修复）：https://github.com/yihui/knitr/issues/1441

如果您不希望更新knitr，则有几种解决方法可供选择：

1. 将正确版本的evaluate::evaluate注册为knitr“evaluate”钩子：

   knitr::knit_hooks$set(evaluate = evaluate::evaluate)
   

2. 强制重新安装您正在使用的任何knitr版本（使用devtools::install_github或其他方法）。

- aron

Answer 5

你可以尝试按照https://github.com/yihui/knitr中的建议安装来自XRAN的开发版本。

# update all existing packages first
update.packages(ask = FALSE, repos = 'http://cran.rstudio.org')
install.packages('knitr', repos = c('http://yihui.name/xran', 'http://cran.rstudio.org'))

我曾经遇到过同样的问题，并尝试了几种方法。

1. 将knitr版本降级至1.12。虽然可以解决问题，但是不支持R Notebook功能。
2. 更新evaluate包。不幸的是，它并没有解决问题。
3. 重新安装软件（Rstudio、pandoc、MikTex）。也没有起作用。
4. 安装开发版本，如上所述。最终解决了问题！

顺便说一下，这是我的环境信息。

R version 3.3.1 (2016-06-21)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows >= 8 x64 (build 9200)
Rstudio Version 1.0.44

问题的根本原因到目前为止还不清楚。在安装了 R Notebook 试用版的预览版本后，一开始它运行得非常好。然而，在我安装了 MikTex 以进行 PDF 输出之后，问题就出现了。

- Chun