knitr：将Rmd文件转换为HTML时，在R中遇到parse_all错误

Question

每次我使用R的Knit Html将我的Rmd文件转换为HTML时，都会出现以下解析错误：

Error in parse_all(input, filename, stop_on_error != 2L) : unused argument (stop_on_error != 2) Calls: ... call_block -> block_exec -> in_dir -> evaluate -> parse_all

执行已停止。

在命令行中使用knitr或knitr：knit2html时也会得到相同的结果。之前没有出现过这个错误（我已经使用Knit HTML制作了许多.Rmd报告），但是当我第一次从cmd使用knit2html时出现了此错误。只有在.Rmd文件中没有R代码块或者代码块为空的情况下，编译才能正常工作。我使用windows 7操作系统，R版本：3.2.3，R studio版本：0.99.902。以下是我用于测试的test.Rmd文件中唯一的R代码块：

```{r}
i <- 0
i < i + 3
i
```

- Ghida Ibrahim

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有一个几乎相同的问题（但现在已被删除，因此对于低声望用户不可见）在http://stackoverflow.com/questions/37239317/error-in-parse-all-in-rstudio-with-knitr...我想知道是否某些基础设施（可能是暂时性的）出了问题？ - Ben Bolker

我也遇到了同样的问题。这个问题是在我更新knitr包后开始出现的。如果我之前看到你的问题就好了...有没有办法回滚更新？ - Vincent

我猜想你的 evaluate 包版本太旧了。请参考FAQ1: https://github.com/yihui/knitr/blob/master/FAQ.md。 - Yihui Xie

我也遇到了同样的问题，通过更新评估包来解决了它。 - eflores89

我也是，将 evaluate 从 0.8 版本升级到 0.9 版本后问题消失了。 - Nicholas Hamilton

由于某些原因，我不得不使用 install.packages("evaluate",type = "binary") 安装 evaluate 包才能让它运行起来。 - Wietze314

Answer 1

看到相同的错误后，更新评估包（evaluate package）有助于解决问题。

install.packages("evaluate")

Evaluate被knitr使用。这是一个关于evaluate的CRAN链接： https://cran.rstudio.com/web/packages/evaluate/index.html

我的R版本是3.2.4。不需要进行任何复杂的重新安装。首先尝试这个。

- userJT

Answer 2

是的，文森特是正确的。您似乎在最近几天更新了您的knitr软件包到版本1.13。这个版本只能在新的R版本3.3.0下运行（也是在几天前发布的）。

您有两个选择：

1. 将R更新到3.3.0版本。

2. 使用以下代码将您的knitr安装还原到版本1.12:

   packageurl <- "http://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/knitr/knitr_1.12.tar.gz"
   install.packages(packageurl, repos=NULL, type="source")
   

- tah385

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有趣的是，我遇到了与OP相似的问题，即收到警告parse_all()找不到。我使用的是全新安装的R（3.3.0）和knitr（1.13）包。然而，在尝试使代码工作时（在旧版本的R和knitr上工作），我将knitr还原为1.12版本，现在一切正常。您是否知道knitr和R 3.3.0存在任何现有问题？ - Steven

嘿@Steven，不，我没有。我必须承认我还没有更新到R（3.3.0），而是选择了上面的第二个选项。你也更新了RStudio吗？ - tah385

我已经更新了整个机器。昨天我在knitr的github页面上开了一个问题，以防万一。 - Steven

Answer 3

我遇到了完全相同的问题，因此我创建了这个页面。根据建议，我安装了R版本3.3.0，并卸载了3.2.4。我重新安装了软件包。然而，fread函数停止工作。我读到可能与dll文件混乱有关。然后我彻底卸载了R和Rstudio。我还删除了安装软件包的库文件夹。重新安装了R，然后是Rstudio（最新版本0.99.902），然后是软件包。现在一切正常运行。

- ilyas