将公共代码提取到单独的 R 文件中，然后将该 R 文件源入到每个需要它的 Rmd 文件中。
例如，假设我需要制作两份报告，一份是流感爆发情况报告，另一份是枪支与黄油分析报告。自然而然地，我会创建两个 Rmd 文档并完成它。
现在，假设老板来了，想要看到流感爆发情况与黄油价格的变化（控制 9mm 弹药）。
- 将报告分析代码复制粘贴到新报告中是重用代码的不好方法等等。
- 我希望看起来漂亮。
我的解决方案是将项目划分为以下文件：
- Flu.Rmd
- Guns_N_Butter.Rmd
- guns_data_import.R
- butter_data_import.R
在每个 Rmd 文件中，我会有这样的东西：
```{r include=FALSE}
source('flu_data_import.R')
```
这里的问题是我们失去了可重复性。我的解决方法是创建一个通用的子文档，包含在每个Rmd文件中。因此，在我创建的每个Rmd文件的末尾，我都会添加如下内容：
```{r autodoc, child='autodoc.Rmd', eval=TRUE}
```
当然，还有自动文档生成器 autodoc.Rmd：
Source Data & Code
----------------------------
<div id="accordion-start"></div>
```{r sourcedata, echo=FALSE, results='asis', warnings=FALSE}
if(!exists(autodoc.skip.df)) {
autodoc.skip.df <- list()
}
#Generate the following table:
for (i in ls(.GlobalEnv)) {
if(!i %in% autodoc.skip.df) {
itm <- tryCatch(get(i), error=function(e) NA )
if(typeof(itm)=="list") {
if(is.data.frame(itm)) {
cat(sprintf("### %s\n", i))
print(xtable(itm), type="html", include.rownames=FALSE, html.table.attributes=sprintf("class='exportable' id='%s'", i))
}
}
}
}
```
### Source Code
```{r allsource, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE, cache=FALSE}
fns <- unique(c(compact(llply(.data=llply(.data=ls(all.names=TRUE), .fun=function(x) {a<-get(x); c(normalizePath(getSrcDirectory(a)),getSrcFilename(a))}), .fun=function(x) { if(length(x)>0) { x } } )), llply(names(sourced), function(x) c(normalizePath(dirname(x)), basename(x)))))
for (itm in fns) {
cat(sprintf("#### %s\n", itm[2]))
cat("\n```{r eval=FALSE}\n")
cat(paste(tryCatch(readLines(file.path(itm[1], itm[2])), error=function(e) sprintf("Could not read source file named %s", file.path(itm[1], itm[2]))), sep="\n", collapse="\n"))
cat("\n```\n")
}
```
<div id="accordion-stop"></div>
<script type="text/javascript">
```{r jqueryinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://code.jquery.com/jquery-1.9.1.min.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r tablesorterinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://tablesorter.com/__jquery.tablesorter.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r jqueryuiinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(url("http://code.jquery.com/ui/1.10.2/jquery-ui.min.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
```{r table2csvinclude, echo=FALSE, results='asis', warning=FALSE}
cat(readLines(file.path(jspath, "table2csv.js")), sep="\n")
```
</script>
<script type="text/javascript">
$(document).ready(function() {
$('tr').has('th').wrap('<thead></thead>');
$('table').each(function() { $('thead', this).prependTo(this); } );
$('table').addClass('tablesorter');$('table').tablesorter();});
$('table.exportable').each(function() {$(this).after('<a download="' + $(this).attr('id') + '.csv" href="data:application/csv;charset=utf-8,'+encodeURIComponent($(this).table2CSV({delivery:'value'}))+'">Download '+$(this).attr('id')+'</a>')});
$('#accordion-start').nextUntil('#accordion-stop').wrapAll("<div id='accordion'></div>");
$('#accordion > h3').each(function() { $(this).nextUntil('h3').wrapAll("<div>"); });
$( '#accordion' ).accordion({ heightStyle: "content", collapsible: true, active: false });
</script>
注意，这是为Rmd -> html工作流程设计的。如果你选择使用latex或其他任何东西，它会变得非常混乱。此Rmd文档在全局环境中查找所有source()'ed文件，并在您的文档末尾包含它们的源代码。它包括jquery ui、tablesorter，并设置文档以使用手风琴样式来显示/隐藏来源文件。这是一个正在进行的工作，但请随意根据自己的需求进行调整。
我知道这不是一行代码。希望它至少能给你一些想法 :)
Rmd文件中。但是，您还想将其他markdown文件源入到正在编织的文件中吗？ - Maiasaurainclude。 - Paul Hiemstra