如何将两个RMarkdown（.Rmd）文件合并为一个输出？

Question

我在同一个文件夹中有两个文件：chapter1.Rmd和chapter2.Rmd，它们的内容如下：

chapter1.Rmd

---
title: "Chapter 1"
output: pdf_document
---

## This is chapter 1. {#Chapter1}

Next up: [chapter 2](#Chapter2)

第二章.Rmd

---
title: "Chapter 2"
output: pdf_document
---

## This is chapter 2. {#Chapter2}

Previously: [chapter 1](#Chapter1)

如何将它们编织在一起形成单个的PDF输出？

当然，render(input = "chapter1.Rmd", output_format = "pdf_document") 可以完美地工作，但是 render(input = "chapter1.Rmd", input = "chapter2.Rmd", output_format = "pdf_document") 则不行。

我为什么要这样做？是为了将一个巨大的文档拆分成逻辑文件。

我已经使用了@hadley的bookdown包从.Rmd构建LaTeX，但这似乎对于这个特定的任务来说太过浩大。是否有一个使用knitr/pandoc/linux命令行的简单解决方案我错过了？谢谢。

- RobinLovelace

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为什么不直接用LaTeX原生编写呢？似乎LaTeX内置了所有所需工具，而且编织过程也会通过TeX引擎运行您的文档。 - Thomas

我喜欢使用 LaTeX，并计划将代码嵌入其中，这是一个不错的备选方案。我正在使用read/writeLines函数研究 R 解决方案，因为我相信 Markdown 是用户友好的未来！http://arxiv.org/abs/1402.1894 这是一种哲学决定：要成为你想在世界上看到的变化。 - RobinLovelace

同样，采用Markdown写作可降低投稿门槛。虽然最终会转向LaTeX，但目前使用Markdown已经足够。 - RobinLovelace

Hadley的Bookdown现在由@yihui开发，并且有很多进一步的工作和有用的文档：http://rstudio.github.io/bookdown/ - Ben

Answer 1

2018年8月更新：这个答案是在bookdown出现之前编写的，后者是一种更强大的基于Rmarkdown编写书籍的方法。请查看@Mikey-Harper的答案中提供的最小bookdown示例！

当我想要将一个大报告分成多个Rmd文件时，我通常会创建一个父级Rmd并将章节作为子级包含进去。这种方法对新用户来说很容易理解，如果您包括目录（toc），则很容易在章节之间进行导航。

report.Rmd

---  
title: My Report  
output: 
  pdf_document:
    toc: yes 
---

```{r child = 'chapter1.Rmd'}
```

```{r child = 'chapter2.Rmd'}
```

chapter1.Rmd

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

chapter2.Rmd

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

构建

rmarkdown::render('report.Rmd')

这将产生如下结果：

如果您希望快速为子文档创建块：

rmd <- list.files(pattern = '*.Rmd', recursive = T)
chunks <- paste0("```{r child = '", rmd, "'}\n```\n")
cat(chunks, sep = '\n')
# ```{r child = 'chapter1.Rmd'}
# ```
#
# ```{r child = 'chapter2.Rmd'}
# ```

- Eric

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它可以工作，但我有10个章节。当我渲染文件时，它只到第5个文件。我可以从PDF导航面板中看到所有标题，但页面未显示。 - Suat Atan PhD

Answer 2

我建议人们使用bookdown包从多个R Markdown文件创建报告。它添加了许多有用的功能，如交叉引用，对于较长的文档非常有用。

根据@Eric的示例进行调整，这是bookdown设置的最小示例。主要细节是主文件必须称为index.Rmd，并且必须包括附加的YAML行site: bookdown::bookdown_site：

index.Rmd

---
title: "A Minimal bookdown document"
site: bookdown::bookdown_site
output:
  bookdown::pdf_document2:
    toc: yes
---

01-intro.Rmd:

# Chapter 1

This is chapter 1.

```{r}
1
```

02-intro.Rmd:

# Chapter 2

This is chapter 2.

```{r}
2
```

如果我们编织index.Rmd，bookdown将按字母顺序合并同一目录中的所有文件（可以使用额外的_bookdown.yml文件更改此行为）。

一旦您熟悉了这个基本设置，就可以使用其他配置文件（即_bookdown.yml和_output.yml）轻松定制bookdown文档和输出格式。

进一步阅读

• R Markdown: The definitive Guide：第11章提供了有关bookdown的很好概述。
• Authoring books with bookdown为bookdown提供了全面指南，并推荐了更高级的详细信息。

- Michael Harper

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这种方式是否可以呈现嵌套的Rmd文件？如何实现？我想为_chapter_中的每个元素拥有单独的Rmd。 - jangorecki

bookdown通常建议每个文件包含一个章节。但是，如果需要，可以将其拆分为单独的文件。最简单的方法是为每个文件提供一个数字索引，例如1-1、1-2、1-3等。 - Michael Harper

我试图在文档末尾添加附录，其中显示了两个文档的代码。我该如何实现？ - Naveen Gabriel

这似乎是一个完全不同的问题。您可能想打开另一个问题并提供一个完整的示例，我会尽力回答 :) - Michael Harper

澄清：Knit 仅预览当前文档，而“构建书籍”则构建整个文档。 - Rasmus Larsen

Answer 3

这对我有用：

这适用于我：

Rmd_bind <- 
    function(dir = ".",
    book_header = readLines(textConnection("---\ntitle: 'Title'\n---")))
{
    old <- setwd(dir)
    if(length(grep("book.Rmd", list.files())) > 0){
    warning("book.Rmd already exists")
    }
    write(book_header, file = "book.Rmd", )
    cfiles <- list.files(pattern = "*.Rmd", )
    ttext <- NULL
    for(i in 1:length(cfiles)){
    text <- readLines(cfiles[i])
    hspan <- grep("---", text)
    text <- text[-c(hspan[1]:hspan[2])]
    write(text, sep = "\n", file = "book.Rmd", append = T)
    }
    render("book.Rmd", output_format = "pdf_document")
    setwd(old)
    }

想象一下，如果rmarkdown或knitr这些包中有类似的更好的解决方案，将是非常不错的。

- RobinLovelace

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我认为这个解决方案是合理的，只是你忘记了一些括号（还有缩进!! :) - Yihui Xie