从.Rprofile.site中永久删除.libPaths()中的一个库

Question

如何在R中永久删除一个库？

.libPaths()
[1] "\\\\per-homedrive1.corp.riotinto.org/homedrive$/Tommy.O'Dell/R/win-library/2.15"
[2] "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"                                            
[3] "C:/Program Files/RStudio/R/library"     

第一项是我的公司“我的文件”文件夹，我的姓氏路径中的撇号在使用“R CMD INSTALL --build”制作软件包时会引起各种问题，更不用说在离线网络时使用安装在那里的软件包时出现的问题了。

我想将“C:/Program Files/R/R-2.15.2/library”作为默认路径，但我不想依赖于“Rprofile.site”。

我尝试过的方法：

> .libPaths(.libPaths()[2:3])
> .libPaths()
[1] "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library" "C:/Program Files/RStudio/R/library" 

似乎这样可以工作，但只有在重新启动我的R会话之前，我才能回到原始的.libPaths()输出...

Restarting R session...

> .libPaths()
[1] "\\\\per-homedrive1.corp.riotinto.org/homedrive$/Tommy.O'Dell/R/win-library/2.15"
[2] "C:/Program Files/R/R-2.15.2/library"                                            
[3] "C:/Program Files/RStudio/R/library" 

我认为也许 .libPaths() 使用了 R_LIBS_USER

> Sys.getenv("R_LIBS_USER")
[1] "//per-homedrive1.corp.riotinto.org/homedrive$/Tommy.O'Dell/R/win-library/2.15"

所以我尝试使用Sys.unsetenv("R_LIBS_USER")将其取消设置，但它在会话之间不会持久保存。

附加信息

如果有影响的话，这里有一些可能相关的环境变量...

> Sys.getenv("R_HOME")
[1] "C:/PROGRA~1/R/R-215~1.2"
> Sys.getenv("R_HOME")
[1] "C:/PROGRA~1/R/R-215~1.2"
> Sys.getenv("R_USER")
[1] "//per-homedrive1.corp.riotinto.org/homedrive$/Tommy.O'Dell"
> Sys.getenv("R_LIBS_USER")
[1] "//per-homedrive1.corp.riotinto.org/homedrive$/Tommy.O'Dell/R/win-library/2.15"
> Sys.getenv("R_LIBS_SITE")
[1] ""

我尝试过Sys.unsetenv("R_LIBS_USER")，但这在会话之间也无法保持。

- Tommy O'Dell

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由于它是一个R字符值，我建议尝试转义单引号。 - IRTFM

Answer 1

只需在Windows中设置环境变量R_LIBS，例如：

R_LIBS=C:/Program Files/R/R-2.15.2/library

重新启动 R。

- agstudy

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设置 R_LIBS_USER 路径变量对我有帮助。 - KarthikS

一个工作的例子看起来像这样：Sys.setenv(R_LIBS_USER = 'C:/Program Files/R/R-2.15.2/library')。（注：该代码是设置R语言中用户自定义包的位置。） - pdbentley

这只是将其附加到有问题的内容中，而不是替换它。我用这个答案解决了这个问题。 - Dan Adams

Answer 2

这是对问题的稍晚回应，但可能对其他人有用。为了设置我的自定义路径（并删除原始路径之一），我已经：

• 在R中使用.libPaths()来检查当前库路径；
• 确定要保留哪些路径。在我的情况下，它保留了R的原始库，但删除了与我的文档相关的链接。
• 使用R.home()或Sys.getenv("R_HOME")找到R-Home路径；
  • R-Home\R-3.2.2\etc\Rprofile.site会在每次启动R内核时读取。因此，任何修改都将持续影响每次运行R。
• 通过添加以下内容编辑Rprofile.site，

.libPaths(.libPaths()[2]) .libPaths("d:/tmp/R/win-library/3.2")

它是如何工作的？

• 第一行删除除一个路径外的所有路径（从原始列表中的第二个开始），第二行添加了一个附加路径。我们最终得到两条路径。
• 请注意，我使用Unix路径表示法，尽管使用Windows。 R始终使用Unix表示法，不受操作系统的影响
• 重新启动R（使用Ctr+Shift+F10）

现在每次都会起作用。

- DfAC

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这个答案非常有帮助，但是据我理解，在执行完.libPaths(.libPaths()[2])之后再执行.libPaths("d:/tmp/R/win‑library/3.2")，你只是将_"d:/tmp/R/win‑library/3.2"_设置为路径，因此第一个设置将被覆盖。 - Cryptor

不是真的 - 我首先使用 '.libPaths(.libPaths()[2])' 删除除第二个路径以外的所有路径，然后添加 .libPaths("d:/tmp/R/win-library/3.2") 作为额外的路径。最终我得到了两个路径。 - DfAC

这并不是那么明显，我在原始文本中添加了注释。 - DfAC

这在ubuntu上并不是真的：运行.libPaths(.libPaths()[2])并不能删除其他库。 - Nikita Vlasenko

至少对于R 3.5.2而言，根据.libPaths帮助文档，它只会向现有路径添加参数，而不是替换现有路径。 "如果使用new参数调用，则库搜索路径将设置为unique(c(new, .Library.site, .Library))中的现有目录"。 - dracodoc

Answer 3

在.Rprofile中使用此函数

set_lib_paths <- function(lib_vec) {
  lib_vec <- normalizePath(lib_vec, mustWork = TRUE)
  shim_fun <- .libPaths
  shim_env <- new.env(parent = environment(shim_fun))
  shim_env$.Library <- character()
  shim_env$.Library.site <- character()
  environment(shim_fun) <- shim_env
  shim_fun(lib_vec)
}
set_lib_paths("~/code/library") # where "~/code/library" is your package directory

原文来源：https://milesmcbain.xyz/hacking-r-library-paths/

本文介绍如何在R中修改库路径。当我们安装包时，它们通常会被存储在一个默认的库路径中。然而，在某些情况下，我们可能希望将包存储在不同的位置或不同的库路径中。这篇文章将介绍如何修改默认的库路径以及如何在R中添加新的库路径。

- Ahmed El-Gabbas

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这是在没有管理员权限时从操作系统中移除 R 库的正确步骤。 - Lijia Yu

Answer 4

我在我的Windows “个人文档”文件夹中的.Rprofile文件中放置了Sys.unsetenv("R_LIBS_USER")命令。这似乎有所帮助。我的问题是，当通过VPN连接时，处于活动目录环境中使得R启动和包加载非常缓慢。

- Ute

Answer 5

如果你想在RProfile文件(@library/base/R/)中实现这个目标，你可以搜索设置R_LIBS_*环境变量的行(例如Sys.setenv(R_LIBS_SITE=....)和Sys.setenv(R_LIBS_USER=.....))。 你还可以搜索设置库树的代码.libPaths()。所以你可以通过在.libPaths()调用之前注释、取消设置和设置R_LIBS变量的组合来实现你的目标。例如：

Sys.unsetenv("R_LIBS")
Sys.unsetenv("R_LIBS_USER")
Sys.setenv(R_LIBS_SITE = "D:/R/libs/site")
Sys.setenv(R_LIBS_USER = "D:/R/libs/user")
Sys.setenv(R_LIBS = "D:/R/libs")

- unm

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原始问题已经有一段时间了，但我刚刚做了这个，需要添加Sys.unsetenv("R_LIBS_USER")行才能使更改生效。点赞 - codesaurus