Ubuntu中如何在R中移除.libPaths()？

Question

Ubuntu中如何在R中移除.libPaths()？

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我安装了RStudio之后，运行了以下命令：

library()

警告信息：库 '/usr/local/lib/R/site-library'，'/usr/lib/R/site-library' 中没有包

然后我输入：

.libPaths()

[1] "/home/avalon/R/x86_64-pc-linux-gun-library/3.2"
[2] "/usr/local/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/site-library"
[4] "/usr/lib/R/library"

我该如何移除[2]和[3]，以避免再次出现警告消息？

预期输出：

.libPaths()

[1] "/home/avalon/R/x86_64-pc-linux-gun-library/3.2"
[4] "/usr/lib/R/library"

- Peter Chung

删除空目录 /usr/local/lib/R/site-library 和 /usr/lib/R/site-library 吗？ - Martin Morgan

我通过Linux命令行将它们删除了，但之后会有任何问题吗？ - Peter Chung

1个回答

网页内容由stack overflow 提供, 点击上面的

可以查看英文原文，
原文链接

- r2evans · Accepted Answer

Linux

首先要做的是阅读它（? .libPaths ）的帮助文档，您会看到：

' .libPaths' 用于获取或设置 R 知道的库路径（因此在查找软件包时使用）。如果使用参数 'new' 调用，则将库搜索路径设置为 unique(c(new, .Library.site, .Library)) 中现有目录，并返回结果。如果没有给出参数，则返回一个字符向量，其中包含当前活动的库树。

（重点突出）。这应该让我们想知道 .Library.site 的作用。奇怪的是，它保存了系统范围内（因此称为“site”）的库路径，应始终保持不变，因此它们始终得到维护。

文档进一步指出：

' .Library.site' 可以通过环境变量 'R_LIBS_SITE' 来设置（作为非空分号分隔的库树列表）。

因此，修复它的一种方法是在启动 R 时给它传递一个空字符串（无法从 R 内部执行）：

# in bash on the command line:
$ R_LIBS_SITE=" " R

# in R
R> .libPaths()
[1] "/usr/lib/R/library"

要在RStudio中实现这一点，需要创建一个包含以下内容的~/.Renviron文件：

R_LIBS_SITE=" "

完成这一步后，您不需要额外做任何操作来从.libPaths()中移除次要站点库路径：

R> .libPaths()
[1] "/usr/lib/R/library"

Windows

假设您正在执行以下操作：

R> .libPaths(c("/home/avalon/R/x86_64-pc-linux-gun-library/3.2", .libPaths()))
[1] "/home/avalon/R/x86_64-pc-linux-gun-library/3.2"
[2] "/usr/local/lib/R/site-library"
[3] "/usr/lib/R/site-library"
[4] "/usr/lib/R/library"

如果您在执行此操作后想进行更正，则只需执行以下操作：

R> .libPaths( c(.libPaths()[c(1,4)]) )
[1] "/home/avalon/R/x86_64-pc-linux-gun-library/3.2"
[2] "/usr/lib/R/library"

或者，您可以这样做 第一次（即在它仍然有三个元素时，其中两个对您不好）：

R> .libPaths(c("/home/avalon/R/x86_64-pc-linux-gun-library/3.2", .libPaths()[3]))
[1] "/home/avalon/R/x86_64-pc-linux-gun-library/3.2"
[2] "/usr/lib/R/library"

当然有一种方法可以通过编程来过滤路径，而不是盲目地取第三个元素，但现在这种方法应该能够工作。