R: 在Ubuntu上更新.libPaths()

Question

我正在尝试遵循这里和这里的建议，更新R查找已安装软件包的位置。我已经在/etc/R/Rprofile.site文件中更新了变量.Library.site以包含预期的R软件包库目录的位置。请注意，HTML标签应保留。

Sys.setenv(".Library.site" = "~/AppData/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/") 

然而，当我启动R并执行.libPaths()时，该位置未附加到库位置列表中。为什么？

- tchakravarty

Answer 1

三个回答:

1. 你的方法是错误的。.libPath()是一个R函数，不是一个环境变量。你上面所做的是无法工作的。

2. 根据（某些）R核心成员的共识，我自2003年左右开始在Debian / Ubuntu中设置了三个位置的路径。这是在/etc/R/下完成的，你可能看到了。

3. 最简单的设置每个用户目录的方法是通过R_LIBS_USER，我通常将其注释掉，因为我希望机器上的用户具有一致的路径。您可以在全局的Renviron中设置它，或者在全局的Renviron.site（更好），或者在~/.Renviron中（可能最好）进行设置。 您可以通过R_LIBS_USER="~/AppData/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/"来设置。

- Dirk Eddelbuettel

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谢谢Dirk。可以安全地假设 ~/.Renviron 不会默认创建，如果不存在，可以手动创建一个吗？ - tchakravarty

另外，您的1和2不是很清楚。如果我成功更改了软件包目录的位置，那么我应该能够使用libPaths()从R中检索它，对吗？关于第2点，当您说在3个地方设置位置时，您的意思是可以使用/etc/R目录中的*.site文件之一来实现这一点，对吗？对于操纵R环境变量还不熟悉，混淆之处请见谅。 - tchakravarty

哎？我正在问一个关于您与R核心成员的共识的后续问题。这似乎不太可能在help(Startup)中讨论吧？ - tchakravarty

很抱歉，但我已经给了你目录。如果那不够具体，请尝试cat /etc/R/Renviron，这些值的含义在我刚刚指向你的帮助页面中有描述。 - Dirk Eddelbuettel