如何在R中永久更改.libPaths()？

Question

无论何时我使用.libPaths()函数更改库路径顺序，如果我重新启动R，它都会恢复为默认设置。如何永久更改？我正在一个Linux计算集群上工作（我没有管理员权限），因此我想永久地将我的本地库添加到R中。

每次启动R时，我都必须这样做。

.libPaths(c("/home/...","/home...","/local/library"))

- Koundy

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将其放入你的 .Rprofile 文件中。 - Joshua Ulrich

哦..如此简单的想法。谢谢。 - Koundy

@JoshuaUlrich的解决方案对于那些在计算机上没有管理员权限的人无效。 - Therkel

@Therkel：那是错误的。这对OP起作用，并且他们明确表示他们没有管理员权限。在您的.Rprofile中放置.libPaths不需要管理员权限。 - Joshua Ulrich

是的，您不需要任何管理员权限。只需将.Rprofile文件保存在默认工作目录中即可。 - Koundy

每个用户都可以编辑他们默认或主目录中的所有文件--因此在每个安装中编辑~/.Rprofile是a)可行的，b)比复制它更好。 - Dirk Eddelbuettel

Answer 1

为了完整起见，因为我无法在评论中展示这个：

1. 所有Debian和Ubuntu系统都默认安装了R包，并附带以下路径:

   edd@max:~$ R -q -e 'print(.libPaths())' R> print(.libPaths()) [1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library" [3] "/usr/lib/R/library"
   R> R>

2. 我们可以通过修改R_LIBS_SITE来更改它:

   edd@max:~$ R_LIBS_SITE="/usr/lib/R/Library" R -q -e 'print(.libPaths())' R> print(.libPaths()) [1] "/usr/lib/R/library" R> R>

3. 但是修改 R_LIBS 是不起作用的:

   edd@max:~$ R_LIBS="/usr/lib/R/Library" R -q -e 'print(.libPaths())' R> print(.libPaths()) [1] "/usr/local/lib/R/site-library" "/usr/lib/R/site-library" [3] "/usr/lib/R/library"
   R> R> edd@max:~$

请参阅help(Startup)以获取完整详细的处理方式。在Debian和Ubuntu上，我们已经将这三个目录设置为默认值超过十年。由于此处使用了R_LIBS_SITE，因此这就是您需要在此处更改的变量。一般来说，您需要覆盖保存值的变量，而您可能无法事先知道它是哪个。

关于原回答，对于Debian和Ubuntu操作系统，我们使用文件/etc/R/Renviron。如help(Startup)所述，您可以设置任何数量的方法来永久更改此项配置，而且所有不同的操作系统都适用以下几点：

1. 如果您拥有适当的权限，请更改系统文件，例如Renviron或Renviron.site
2. 否则，请更改每个用户文件~/.Renviron
3. 或者，在系统级别上更改环境变量R_LIBS、R_LIBS_USER或R_LIBS_SITE（如果您有适当的权限）
4. 否则，请更改用户级别的变量R_LIBS、R_LIBS_USER或R_LIBS_SITE
5. 最后，在您的R启动文件中调用.libPaths(...新路径在此处添加...)，例如在.Rprofile中。

请查看help(Startup)以获取更全面的讨论。

- Dirk Eddelbuettel

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就我个人而言，在这种情况下，我发现help(Startup)更令人困惑，而不是有帮助的。 - Brian D

我并没有声称这是易读的，因为有很多要考虑的移动部件，它确实如此。但它是全面的。这就是我说的全部。 - Dirk Eddelbuettel

@DirkEddelbuettel，您能否推荐一个类似的Windows软件？谢谢。 - ok1more

我展示了 R 代码，而且它们自然地在各种操作系统之间都是 可移植 的。如果你认为这只适用于 Linux 或 macOS，那就错了。请在你的 R 会话中查看 help(.libPaths) 和 help(Startup)，也许可以寻找一些关于“定制你的 R 环境”的教程或博客。Windows 用户也可以这样做。 - Dirk Eddelbuettel

Answer 2

在 R 安装文件夹中寻找名为 Rprofile 的文件（不带点）。

find -name Rprofile

#Getting something like:
#lib/R/library/base/R/Rprofile

打开文件并搜索：

invisible(.libPaths(c(unlist(strsplit(Sys.getenv("R_LIBS"), ":")),
                      unlist(strsplit(Sys.getenv("R_LIBS_USER"), ":") )
                      )))

注释掉其他路径并添加您所需的路径

invisible(.libPaths(c(#unlist(strsplit(Sys.getenv("R_LIBS"), ":")),
                      #unlist(strsplit(Sys.getenv("R_LIBS_USER"), ":") )
                      "/home/users/username/R/4.0.1/lib/R/library" # desired path
                      )))

这也很有用：（对于.bashrc文件）

export R_LIBS='/home/users/username/R/4.0.1/lib/R/library'
export R_LIBS_USER='/home/users/username/R/4.0.1/lib/R/library'

- Ferroao

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最好编辑 Rprofile.site 文件，因为它是用于 site-local 更改的。在升级过程中，这很重要。 - Dirk Eddelbuettel

Answer 3

两个主要解决方案：

1. In .Rprofile you could leave code that sets .libPaths()

2. Just set the appropriate environment variable such as R_LIBS in Windows or R_LIBS_SITE= in Linux, etc, to whatever you like, e.g.

    R_LIBS=C:/R/Library 
   

- Hack-R

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@DirkEddelbuettel 在什么情况下会出现这种情况？我只是引用stat.ethz.ch的话。 - Hack-R

任何Debian或Ubuntu系统。 - Dirk Eddelbuettel

@DirkEddelbuettel 哦，我明确指定了Windows。 - Hack-R

你甚至可以（应该）删除上面的“..在Windows中”的字眼，因为你的答案没有它也是正确的。 - Dirk Eddelbuettel

我没有要求你进行限定条件，只需删除每个操作系统的设置。两个操作系统都将侦听这两个变量，请参阅help(Startup)。 - Dirk Eddelbuettel

Answer 4

在 Mac 上，我发现在“新鲜”的安装中没有用户库，并且所有包都安装在特定版本的系统库中。最终，会创建一个用户库（可能是意外或通过 RStudio 提示），并将其设置为将来软件包安装的默认位置。因此，如果您不仔细注意，最终会导致一些软件包安装在系统库中，而另一些则安装在用户库中。

用户库列在第一位，系统库列在第二位：

.libPaths()
> [1] "/Users/<username>/Library/R/3.6/library"                         
> [2] "/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library"

我喜欢把所有东西都放在一个地方（系统库）中，为了永久实现这一目标，我会执行以下操作：

在终端窗口中，在您的用户目录下创建一个.Rprofile文件：

nano ~/.Rprofile

在那个文件中，添加以下这行 R 代码：

.libPaths( c(.libPaths()[2], .libPaths()[1]) )

或者，添加一行类似的R代码，但包含硬编码路径：

.libPaths( c("/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.6/Resources/library", "/Users/<username>/Library/R/3.6/library") )

将<username>替换为您的实际用户名。 然后Ctrl-O（保存）和Ctrl-X（退出）该文件。

任何一行都可以交换上面列出的路径的顺序，以便路径[2]（系统）排在第一位（默认），路径[1]（用户）排在第二位。

重要的是，通过将此行代码放入您的用户的.Rprofile中，每次启动R时都会运行它，这样您就不必再担心这个问题了。

- Brian D

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令人沮丧的是，这个解决方案在一段时间后停止工作了。现在我的用户.Rprofile文件似乎被忽略了。 - Brian D

如果您在打开RStudio时没有管理员权限，那么这个解决方案似乎无法正常工作，或者根本不起作用。 - undefined