如何使用Python的NetworkX模块从节点列表生成完全连接的子图

Question

我需要使用networkx生成一个全连接的子图，起点是我要连接的节点列表。基本上，我想让我传递给函数的节点列表中的所有节点相互连接。

我想知道是否有任何内置函数可以实现这一点（我还没有找到）？还是我应该考虑一些算法？

非常感谢。

- Wilco

Answer 1

我不知道有没有现成的方法可以做到这一点，但是你可以很容易地模仿networkx中的complete_graph()方法并稍作修改（几乎像一个内置函数）：

import networkx
import itertools

def complete_graph_from_list(L, create_using=None):
    G = networkx.empty_graph(len(L),create_using)
    if len(L)>1:
        if G.is_directed():
            edges = itertools.permutations(L,2)
        else:
            edges = itertools.combinations(L,2)
        G.add_edges_from(edges)
    return G

S = complete_graph_from_list(["a", "b", "c", "d"])
print S.edges()

- zubinmehta

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谢谢，是的，我应该寻找这些排列/组合函数 :) - Wilco

当我将n>1替换为len(L)>1时，这对我起作用了。 - Rasmus

有直接的方法可以使用 nx.complete_graph 和 nx.relabel_nodes 来完成。请查看我的回答。 - Joel

Answer 2

有一个用于创建全连接（即完全）图的函数，名为complete_graph。

import networkx as nx
g = nx.complete_graph(10)

这个函数需要一个整数参数（图中节点的数量），因此您无法控制节点标签。我没有发现自动执行这个操作的函数，但使用itertools可以很容易地实现：

from itertools import combinations

nodes = ['A', 'B', 'C', 'D', 'E']
edges = combinations(nodes, 2)
g = nx.Graph()
g.add_nodes_from(nodes)
g.add_edges_from(edges)

combinations(nodes, 2)将创建包含所有节点对组合的二元组，这些节点对将作为图中的边。

然而，这种解决方案仅适用于无向图。查看zubinmehta的解决方案以获得更通用的方法。

- Maehler

Answer 3

你可以使用networkx命令直接生成一个整数节点的团，然后有一个简单的命令可以重新标记节点为任何其他可散列名称。

import networkx as nx
L=["hello", "world", "how", "are", "you"]
G=nx.complete_graph(len(L))
nx.relabel_nodes(G,dict(enumerate(L)), copy = False) #if copy = True then it returns a copy.

- Joel