NetworkX图：使用有序列表创建节点

Question

NetworkX图：使用有序列表创建节点

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我完全不了解图形学。我有一个213 X 213的距离矩阵，我一直在尝试使用网络可视化距离矩阵，我的想法是远离节点将出现在绘制图形时作为单独的聚类。因此，我正在创建一个以列索引表示节点的图形。我需要跟踪节点以便稍后进行标记。我需要按特定顺序添加边缘，因此需要跟踪节点及其标签。

以下是代码：

import networkx as nx
G = nx.Graph()
G.add_nodes_from(time_pres) ##time_pres is the list of labels that I want specific node to have

 for i in range(212):
    for j in range(i+1, 212):
        color = ['green' if j == i+1 else 'red'][0]
        edges.append((i,j, dist[i,j], 'green')) ##This thing requires allocation of distance as per the order in dist matrirx
        G.add_edge(i,j, dist = dist[i,j], color = 'green')

目前我的做法是，分配节点的id为数字，而不是按照time_pres标签中的索引顺序。

- pg2455

不清楚你的问题是什么。你的方法不起作用，还是你想知道是否有更好的方法？在这段代码中，变量color和edges有什么用处？你能给我们举一个2x2或3x3距离矩阵的小例子，以便我们能够理解你试图实现什么？ - Reti43

在3X3中，每一列将代表一个时间事件。所以我有1->2->3的事件。我想通过用相同颜色着色相邻节点连接的边来显示这个时间演化。我还有节点之间的距离，我通过$dist$属性传递。我编写代码的方式是，我无法指定标签和节点号。因此，节点号“1”被分配一个标签，该标签可能是time_pres的某个索引而不是1。因此，我无法记录哪个节点分配给哪个标签。 - pg2455

time_pres变量保存了什么值？只需给我一个3x3的例子中的9。 - Reti43

time_pres = [('person1', '1878'), ('person2','1879'), ...]，而dist是一个213 X 213的numpy矩阵。 - pg2455

请告诉我是否我理解正确。如果你有两个标签为('person1', '1878')和('person2', '1879')，索引分别为0和1的节点，那么 time_pres = [('person1', '1878'), ('person2', '1879')]。而且dist[0,1]是 ('person1', '1878') 和 ('person2', '1879')之间的距离。这样理解正确吗？ - Reti43

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1个回答

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- Reti43 · Accepted Answer

我可以回答你似乎在问什么，但这不会解决你的问题。具体来说，我将向你展示您的错误之处。

因此，我们假设变量time_pres定义如下：

time_pres = [('person1', '1878'), ('person2', '1879'), etc)]

然后，

G.add_nodes_from(time_pres)

创建带有标签（“person1”，“1878”），（“person2”，“1879”）等的节点。这些节点存储在一个字典中，键是节点的标签，值是与每个节点相关的任何其他属性。在您的情况下，没有任何属性。您也可以从在线手册或者输入help(G.add_nodes_from)命令查看此信息。

您甚至可以通过输入以下任一行来查看节点的标签。

G.nodes()        # either this
G.node.keys()    # or this

这将打印标签列表，但由于它们来自字典，因此可能与 time_pres 顺序不同。您可以通过它们的标签引用节点。它们没有任何其他id号或其他东西。

现在，添加边。如果两个节点尚不存在于图形中，则手册指出将添加其中任何一个节点。因此，当您执行以下操作时：

G.add_edge(i, j, dist = dist[i,j], color = 'green')

在图中，i和j是数字，在它们不存在于图标签时它们会被添加到图中。因此，您最终会添加节点i和j以及它们之间的边缘。相反，您需要执行以下操作：

G.add_edge(time_pres[i], time_pres[j], dist = dist[i,j], color = 'green')

这将在节点time_pres[i]和time_pres[j]之间添加一条边。据我所知，这是你的目标。

然而，你似乎期望当你绘制图时，节点time_pres[i]和time_pres[j]之间的距离将由G.add_edge()中的dist=dist[i,j]属性决定。实际上，节点的位置是由一个包含节点x和y位置的元组决定的。请参阅nx.draw()的手册。

如果你不定义节点位置，它们将随机生成。在你的情况下，你需要像这样的字典：

pos = {('person1', '1878'): (23, 10),
       ('person2', '1879'): (18, 11),
       etc}

那么，节点i和节点j之间的坐标将等于dist[i,j]。你需要弄清这些坐标，但由于你未明确说明如何得出矩阵dist，我无法发表意见。