Networkx：为给定的节点集创建完全图

Question

我有一个列表，如下：c4_leaves = [56,78,90,112]。 我想使用c4_leaves中的这些元素作为节点创建完全图。以下是我的尝试：

V_ex = c4_leaves
G_ex = nx.Graph() 
G_ex.add_nodes_from(V_ex)
G_ex = nx.complete_graph(4)

for u,v in G_ex.edges():
    G_ex[u][v]['distance'] = distance(points33, u, v)

然后以上图的最小生成树为：

T_ex = nx.minimum_spanning_tree(G_ex, weight='distance')
F_ex = list(T_ex.edges())

当我绘制G_ex时，它给出了正确的图形，但当我打印最小生成树的详细信息时，它显示T_ex.nodes()=[0,1,2,3,56,78,90,112]。请问有人可以告诉我我的错误在哪里吗？

- ccc

Answer 1

不要使用complete_graph函数创建具有其他节点的新完全图，而应按照以下方式创建所需的图：

import itertools
import networkx as nx

c4_leaves = [56,78,90,112]
G_ex = nx.Graph()
G_ex.add_nodes_from(c4_leaves)
G_ex.add_edges_from(itertools.combinations(c4_leaves, 2))

对于有向图，请使用：

G_ex.add_edges_from(itertools.permutations(c4_leaves, 2))

- zohar.kom

Answer 2

这是一个老问题。然而，我仍然想发表一下我的见解。我也遇到了同样的问题。我不确定实际问题的阻碍点是什么，但我会写下我所做的事情。

所以，我想创建一个包含四个节点（56、78、90和112）的完全图。我有一个列表。我查找了complete_graph的定义，以下是我看到的内容。

Signature: nx.complete_graph(n, create_using=None)
Docstring:
Return the complete graph `K_n` with n nodes.

Parameters
----------
n : int or iterable container of nodes
    If n is an integer, nodes are from range(n).
    If n is a container of nodes, those nodes appear in the graph.
create_using : NetworkX graph constructor, optional (default=nx.Graph)
   Graph type to create. If graph instance, then cleared before populated.

Examples
--------
>>> G = nx.complete_graph(9)
>>> len(G)
9
>>> G.size()
36
>>> G = nx.complete_graph(range(11, 14))
>>> list(G.nodes())
[11, 12, 13]
>>> G = nx.complete_graph(4, nx.DiGraph())
>>> G.is_directed()
True

这意味着它可以接受一个迭代器。出于同样的精神，我尝试了以下代码：

In [6]: l = [56,78,90,112]

In [7]: G = nx.complete_graph(l)

In [8]: G.edges(data=True)
Out[8]: EdgeDataView([(56, 78, {}), (56, 90, {}), (56, 112, {}), (78, 90, {}), (78, 112, {}), (90, 112, {})])
    
In [10]: G.nodes(data=True)
Out[10]: NodeDataView({56: {}, 78: {}, 90: {}, 112: {}})

所以，这就是一个由列表构建的完整图。

我希望这回答了这个问题。

- SRC

Answer 3

命令G_ex = nx.complete_graph(4)创建了一个完全图G，其节点为0、1、2和3。然后你可以向G添加更多内容，但它已经有这些节点。

- Joel

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谢谢您的回复。但是我该如何删除“0,1,2,3”并添加我想要的内容呢？ - ccc