使用R脚本生成图表

Question

我有一个小的shell脚本（bash），它运行一个R脚本，并产生一个图形输出。一切都很好，但是在绘制出图形之后，R会立即退出。是否有办法让R会话保持活动状态，直到图形窗口关闭。

这是Shell脚本。

#!/bin/bash
R --slave --vanilla < myscript.r

还有R脚本。

daq = read.table(file('mydata.dat'))
X11()
pairs(daq)
//R Completes this and then exits immediately.

提前感谢任何帮助！

- Stephen Diehl

Answer 1

如果您使用Rscript命令（这更适合此目的），则可以像这样运行它：

#!/usr/bin/Rscript

daq = read.table(file('mydata.dat'))
X11()
pairs(daq)

message("Press Return To Continue")
invisible(readLines("stdin", n=1))

请确保设置了myscript.r文件的执行权限，然后像这样运行：

/path/to/myscript.r

或者没有shebang:

Rscript /path/to/myscript.r

- Mark

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这不太好，因为OP希望脚本在绘图关闭后终止，而不是在按下键后终止。 - mbq

这个已经足够好用了，我只需要让显示保持足够长的时间，以便在 shell 脚本完成后可以查看绘图。 - Stephen Diehl

对我来说这不起作用，在Windows上从未出现过图表... - Matthew Lueder

这不会刷新窗口，因此您也无法调整大小。 - csl

以上方法对于常规的plot()调用完美运行。尝试使用此方法打开带有leaflet地图的图形窗口，图形窗口会打开，但地图不会呈现。有什么想法吗？ - msoderstrom

Answer 2

您可以添加一个循环，每n秒检查一次图形设备：

while (!is.null(dev.list())) Sys.sleep(1)

这将会一直休眠，直到你关闭绘图窗口。

- Alex Deckmyn

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这样做好多了，甚至允许用户调整窗口大小等等。 - csl

这个代码可以正常运行，但是我有点困惑。x11（）设备不应该先关闭，然后才能运行循环吗？我哪里理解错了吗？ - user2338823

这个循环在设备运行时运行。每秒钟它都会检查设备是否仍然打开，如果是，则再次休眠1秒钟。结果是脚本将一直停留在循环中，直到您手动关闭图形设备（此时，dev.list()变为NULL并退出循环）。 - Alex Deckmyn

Answer 3

一种解决方案是将绘图输出为PDF格式：

pdf(file="myplot.pdf")

##your plot command here
plot( . . . )

dev.off()

- chrisamiller

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类似的解决方案已经在这里提供：（https://dev59.com/EFgQ5IYBdhLWcg3wlk7P#42545005），可以输出图片。这是一个不错的解决方法。 - Foad S. Farimani

Answer 4

这不是一个完美的解决方案，但您可以在绘图命令之后立即调用locator()。
或者将图形保存为pdf文件，然后使用system调用pdf查看器。

- mbq

Answer 5

更重要的问题是，为什么你想在图形创建后运行 R？可以在交互模式或批处理模式下使用它...我不明白你想要实现什么。此外，尝试使用 littler，它位于 Ubuntu 存储库中（如果我没记错的话，是 universe 存储库），或者使用 Rscript，将脚本重写并将其命名为 myscript.r，并确保在第一行中放置正确的路径。尝试使用 whereis Rscript（通常为 /usr/bin/Rscript）。忘掉 bash 脚本吧。你可以向 Rscript 传递 --vanilla 和 --slave 参数，但我不知道有什么用... O_o

- aL3xa