手动使用R Knit/Markdown为HTML生成图表

Question

我正在使用knit()和markdownToHTML()自动生成报告。

问题在于，当我使用这些命令时，无法输出图形。但是，当我使用RStudio的Knit HTML按钮时，图形会被生成。然后，当我使用自己的knit/markdown函数时，它突然输出了图形。当我切换到另一个文档并编织它时，旧的图形出现了。

例如：

```{r figA, result='asis', echo=TRUE, dpi=300, out.width="600px", 
              fig=TRUE, fig.align='center', fig.path="figure/"}
plot(1:10)
```

使用命令：

 knit(rmd, md, quiet=TRUE)
 markdownToHTML(md, html, stylesheet=style)

所以我想有两个问题，取决于你想如何处理它：

• RStudio的Knit HTML中发生了什么神奇的事情？
• 如何在不依赖RStudio的Knit HTML按钮的情况下生成/包含?

- PascalVKooten

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我发现RStudio将它们输出到一个文件夹中，而knitting不会将图形放在这个文件夹中。 - PascalVKooten

你的意思是RStudio将图形输出到_.md_文件所在的同一目录，而knit()则将它们输出到_figure/_文件夹中吗？如果是这样，你知道如何将RStudio的输出图形设置为_figure/文件夹，而不必在.Rmd_文件中显式指定opts_chunk$set(fig.path = "figure/")吗？ - Cryptor

Answer 1

我唯一看到的问题是，当你在代码块选项{...}跨越两行时，它就不能正常工作。如果所有内容都在一行上，那么它可以正常工作。我有什么遗漏吗？

请参考文档，在knitr中不允许出现以下情况：

1. 代码块选项必须写在同一行；代码块选项内不允许换行；

RStudio必须以非标准方式处理换行符。

- Thomas

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我之前并不知道，但是无论如何已经以那种格式呈现了（这里的换行只是为了更好的显示）。对此我感到抱歉。 - PascalVKooten

Answer 2

这真的很尴尬，我真的以为我仔细阅读了文档：

include: (TRUE; logical) 是否将块输出包含在最终输出文档中；如果 include=FALSE，则不会写入任何内容到输出文档中，但代码仍然会被评估，并且如果块中有任何图形，则会生成图形文件，因此您可以手动插入图形；请注意，这是唯一一个不被缓存的块选项，即更改它不会使缓存无效

只需添加 {..., include=TRUE} 就解决了问题。我认为这将是一个相当明智的默认设置。

- PascalVKooten