Shiny Server缺少由R markdown文件生成的图表。

Question

我有一个R markdown文件，希望它能在我们公司的Shiny服务器上使用。

根据R Markdown: The Definitive Guide，我可以在Rmd文件顶部的YAML元数据中添加runtime: shiny将其转换为Shiny文档。我已经这样做了，并且它有效。如果我在RStudio中点击“Run Document”，它会运行Rmd文件，并且我可以看到报告，没有任何问题。

我的项目位于ShinyApps目录中，Shiny服务器正在寻找要提供的应用程序。当我访问此项目的URL时，我只得到报告没有任何图表。图表应该在的地方只有破碎的图像图标。（我正在使用RStudio Server，因此RStudio和Shiny Server访问的是完全相同的文件）。

R版本3.4.3，Shiny服务器版本1.5.6.875

更新：我使用最简单的例子重现了这种行为。我创建了一个名为TEST的新RStudio项目，只是一个普通的项目，位于我的ShinyApps目录中。然后我创建了一个新的R Markdown文件，我称之为TEST.Rmd。此文件预填有使用内置数据集cars和pressure的示例RMarkdown。我更改了YAML标题以包括runtime: shiny。预期情况下，RStudio的“编织”按钮被“运行文档”按钮替换，单击此按钮会运行文档并按预期工作。尝试通过Shiny Server查看页面时，存在相同的问题，即图表未包含在内；一个损坏的图像图标取而代之。

更新2：根据要求，这是Markdown文件。它实际上是由RStudio生成的示例文件，其中添加了runtime: shiny到YAML标题中。

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title: "Test RMarkdown"
author: "Michael Henry"
date: "4/6/2020"
output: html_document
runtime: shiny
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```{r setup, include=FALSE}
knitr::opts_chunk$set(echo = TRUE)
```

## R Markdown

This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>.

When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:

```{r cars}
summary(cars)
```

## Including Plots

You can also embed plots, for example:

```{r pressure, echo=FALSE}
plot(pressure)
```

Note that the `echo = FALSE` parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot.

更新3：因此，我在服务器上寻找Shiny Server的日志文件。我没有管理员特权，所以以前从未寻找过这个文件，但我找到了一个包括以下内容的日志文件：/lib64/libpango-1.0.so.0: undefined symbol: g_log_structured_standard。原来RHEL存在一个错误，有一个可用的修复程序，所以我已经向管理员提出了申请，请求应用修复程序。当修复程序被应用后，我会回报是否解决了我的问题。

更新4：事实证明，我的RHEL服务器是最新的；它已经拥有了bugfix建议的glib2版本。由于我仍然遇到这个错误，因此我的管理员将把这个问题升级到Red Hat。

更新5：Red Hat支持建议还有另一个glib2 so文件存在，事实证明确实如此。删除此文件解决了问题！

- Michael Henry

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能否贴一下 .RMD 文件，这样我就可以看到文件中是否有任何错误。 - Daniel_j_iii

Answer 1

因此，我认为您可能需要添加一些额外的代码，以使Markdown应用程序在Shiny Server环境中按您的预期运行。

尝试使用以下方式包装图表和绘图：

renderPlot({})

这会让服务器运行图表，并使其可用于Shiny文档。对于纯R程序员来说，Shiny可能有点奇怪。

基本上，您正在R环境中计算和创建内容，然后将它们传递给需要以自己的语言进行操作的Javascript/HTML组件。这个renderPlot({})告诉JS组件如何将R输出提升到您的页面上。

从您链接的参考文档的此部分中，您可以看到格式是什么样子的，并且Shiny如何将其提升到页面上。 如果您在尝试后仍然遇到问题，请联系我，我将尝试帮助解决问题！

- sconfluentus

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感谢@sconfluentus的回复。您提到的示例是为了向Markdown文档添加交互性，而这不是我想要做的。但是您说得对，这值得一试。当我将对plot(pressure)的调用包装在renderPlot()中时，它会用一个矩形替换损坏的图像图标，该矩形是插入到呈现文档中的绘图区域的轮廓。 - Michael Henry

这个例子具有交互性，但 renderPlot() 不依赖于交互性。 - sconfluentus

Answer 2

寻找错误消息：/lib64/libpango-1.0.so.0: undefined symbol: g_log_structured_standard，发现与RHEL存在已知问题，即系统上存在旧版本的glib2，其中不包含符号g_log_structured_standard。在我的情况下，服务器是最新的，并且具有正确的glib2版本，但是存在另一个导致问题的该库的版本。

故事的寓意：及早搜索日志文件并按照其中包含的线索进行跟踪！

- Michael Henry