在Shiny标签中使用多个R Markdown文件

Question

我正在构建一个Shiny应用，希望有多个选项卡集。到目前为止，我已经得到了以下代码：

shinyUI(navbarPage("OEI Grant",
  tabPanel("Part 1 - Organization",
           tabsetPanel("1.x",
                       tabPanel("1.1"),
                       tabPanel("1.2"),
                       tabPanel("1.3")
                       ))))

我无法理解的是如何为每个选项卡（1.1，1.2等）获取单独的交互式文档（R Markdown .Rmd文件）。

我正在寻找与includeMarkdown()函数相当的东西，但是针对的是包含Shiny应用程序的R Markdown文件。

例如，在1.1中，我可能希望显示以下简单.Rmd文件的输出：

---
runtime: shiny
---
# Data visualization

Example visualization

```{r read-in-data, echo = FALSE, eval=TRUE, message=TRUE}
library(ggplot2)
data(OrchardSprays) # Use this data                                                                                                                                                                            
head(OrchardSprays)
```

## Histogram

We can also look at this data in an interactive histogram.

```{r histogram, echo = FALSE, eval=TRUE}
shinyAppDir(
    "histogram/",
    options=list(width="100%", height=450)
  )
```

这个RTutor Shiny App与我尝试实现的多个选项卡类似，但从他们的代码来看，我认为所有内容都提供在一个R Markdown文件中，并以某种方式解析成不同的部分。

R Markdown文档讨论了链接多个页面，但我想要内容而不是链接。

唯一的选项卡图库示例展示了如何将server.R的输出放入不同的选项卡中，但没有单独的R Markdown文件。

有什么好的想法吗？

- Stefan Avey

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也许应该有来自Rstudio的人来回答这个问题。 - highBandWidth

Answer 1

作为早期答案中提到方法的替代方案，您可能想尝试在此存储库中说明的方法https://github.com/vnijs/shiny-site。这是一个概念验证，您可以使用Shiny的renderUI功能并在shinyServer环境中评估rmarkdown文件，而无需将应用程序拆分成部分来渲染rmarkdown文件。请注意，该方法保留了html标签。

- Vincent

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这正是我一直在寻找的，我测试了您的代码，它可以运行！您甚至可以将整个应用程序嵌入到另一个 R markdown 文档中，这使其非常灵活。 - Stefan Avey

很高兴它也对你有用。在另一个Rmarkdown文件中嵌入应用程序的想法很好，@av1。你会把你的应用程序放在GitHub或类似的平台上吗？ - Vincent

我最终使用了一个单一的R Markdown文件，并通过在目录中添加链接到不同部分（请参见应用程序此处）来解决导航问题。如果我再次这样做，我认为我会实现您的解决方案，并将每个主要部分放在自己的选项卡中。如果我按照这种方式重新组织它，我会进行更新。 - Stefan Avey

Answer 2

我的当前方法与@sebastian-kranz的评论类似。我将Rmd文件拆分成块，因为在从shiny应用程序中调用markdown文档时交互元素无法工作（据我所知）。下面是示例。如果您能创建一个可以与运行时：shiny一起使用的动态markdown文档，并从Shiny应用程序中调用它，那将非常好。

output$mini_case_1 <- renderUI({
  tagList(
    rmarkdown::render("./cases/case1/01_test.Rmd", html_document()),
    inclRmd("./cases/case1/01_mini_case_1.Rmd"),
    sliderInput("price_coeff", label = "Adjust price sensitivity:", min = -20, max = 0, value = -6, step = 1),
    plotOutput("mc1_demand"),
    inclRmd("./cases/case1/02_mini_case_1.Rmd"),
    sliderInput("price", label = "Adjust price:", min = 0, max = 12, value = 3, step = 1),
    plotOutput("mc1_profit"),
    inclRmd("./cases/case1/03_mini_case_1.Rmd")
  )
})

inclRmd <- function(path) {
  paste(readLines(path, warn = FALSE), collapse = '\n') %>%
  knitr::knit2html(text = ., fragment.only = TRUE, options = "",
                   stylesheet=file.path(r_path,"../www/empty.css")) %>%
    gsub("&lt;!--/html_preserve--&gt;","",.) %>%
    gsub("&lt;!--html_preserve--&gt;","",.) %>%
    HTML %>%
    withMathJax
}

- Vincent

Answer 3

可能这并没有什么帮助，因为它没有回答关键问题，即如何将交互式的markdown文件（带有shiny）放入选项卡中。

RTutor解析一个Rmd解决方案文件，将其分成不同的部分，然后使用许多动态UI，这些UI由通过编织这些部分创建的html输出填充。

要将变量txt中的markdown源动态编织为html，可以使用：

ktxt = knit(text = txt) html = markdownToHTML(text = ktxt, fragment.only = TRUE)

您可以通过相应的渲染函数（请参阅http://shiny.rstudio.com/articles/dynamic-ui.html）将创建的html分配给htmlOutput或uiOutput。（RTutor使用shinyEvents包中的setUI函数呈现html，但那只是一个包装器。）

我不知道是否可能以这种方式嵌套带有shiny应用程序的Rmd代码进行呈现。在RTutor中，交互性是由RTutor包执行的，该包在运行时构建所有小部件。底层的Rmd文件中没有任何shiny代码。

- Sebastian Kranz